其实本朝真正意义上能够被称为水师，并且成规模的水师也只有两只，一只是登州平海军，一只是广州经略的海上团练。
前者主要在黄海、渤海一代活动，是由那些江南商团联合，出资组建的水师，以海漕护航为名，在战后继续保留下来，但其实黄海上除了他们自己以外，已经没人可以威胁的到朝廷的漕船。这些船团联合，装备精良，人手众多，横行于东北沿海，连渤海新罗这样的一方政权，也不敢轻掳其锋。
后者主要在南海活动，其实更像是南海都督府的附庸，各方面都依赖海南才得以运转，编制也比登州船团更精干，有相当详细的分工和配备，拥有足够数量的职业军人，是海外垦拓的重要保障。
不过这一南一北两只人马与其说是水军，不如说是海军，有自成体系的港口、外岛驻地，屯田所、船厂等，独立性很强，水军都监暂时还无法插手，只有在人员的训练、调配、监督上的有一些管辖权。其他的莱、扬、杭、明、泉、福、洪等沿海口岸大埠，虽然也有一定的水上力量，不过规模和质量就无法相比，也就小载量船只组成的舟师，在近海沿岸巡哨，打击下不长眼的匪类而已。
因此，这次设立的水军都监，管辖的主要是新成立的漕军和巡水营。
漕军的前身，就是河北各道裁汰亢兵组成的工程军，经过这些年的老病放还和遣散，剩下还是壮年的士兵被分为两个部分，一部分仍然是专司铺路架桥修渠浚河垒房筑城屯田等大工程的工程军编制。另一部分改编成漕军，也称护漕军或者输漕军，担负规复后的南北河槽转运勾当，连带维护河道堤坝。
和工程军一般，漕军的人事、训练属枢密院，钱粮支给归政事堂，由某位宰相专项负责，决定预算和编制，地方有事则各道转运使差遣之，酌情给出动的费用。
朝廷将部分漕运河流沿岸战乱荒废的土地划拨为他们的驻地，连带外围的家眷，形成一个个独特的聚居点，平时类似府兵军户模式进行日常管理和经营，忙时出役，闲时军训，国家有事，也可以作为府兵的补充。
当然了，靠山吃山，靠水吃水，和工程军可以接私活赚点外快一样，漕军也可以捎带点私货，补贴一下自用。
新设立的巡水营，则来自他的班底——荆楚水营，其渊源说起来就比较复杂。
作为北军之一，龙武军名下也有一只水军，前身是岷江水营，用来确保江汉上游的北输，同时也威慑下游的永王，在北方几乎没有用武之地，因此也没有任何建功的机会，直到后来运兵南下奔袭，压制解除永王的武装才露了一把脸，也由此吸收了大量江陵八县的水营团练，与江陵设立训练大营和水战学堂，将活动范围扩大到山南东道和江西道。
后来南诏犯境，留在成都的水军，以岷江水系为依托，阻击犯敌，掩护友军，往来敌后骚扰，很是发挥了些作用，南诏败走后，水军又成为追亡逐北的先锋，将大量南诏兵马阻留在境内，这才引起朝廷足够的重视。
因此，平定天平之乱后，随浑惟明东进的故永王旧部水军也大部得到了保留，分驻与各地，以便弹压民间。随着北方平定，一部分将领随浑惟明功成高升北调后，这些水军变成江淮租庸调使的一大负担，地方上也没人敢接手，永王旧部的敏感背景。
这只人马成了被遗忘的角落，缺衣少粮差点变成新的不安定因素，又传出他们与逃入云梦的襄城王余孽。
后来还是季广琛自告奋勇，带着水师学堂的学军去接收，果断斩杀了其中不安分的刺头，给资遣汰去老弱伤残后，余部万余人归于江陵管辖，屯守于云梦，由龙武军的体系内开饷就粮，也在当地开圩以自足部分。平定康楚元之乱后，他们总算是名正言顺的重归与朝廷的体制，按照团练的标准开粮。
这里就不得不说季广琛也是个人才，虽然天下平定，水军的用处越来越小。
但他这些年经营江陵水营和水军学堂，依旧做的有声有色，荆州水师的车船通过追缴天平余孽、护商、军输为名，活动范围遍及长江中下游流域，与江淮泗广等沿海各大埠港口通达往来，并对南方四通八达的河流水道，逐一进行探索和测绘，以便为新的商路，提供参考。
有唐一代，南方内陆水运及其发达，以至于产生了许多直接生活在大船上的水上人家，这些特色的船户，他们也是巡水营的补充来源，用来河防捕盗，保证水路的畅通。
籍着追缴天平余孽这个由头，他也软硬兼施手腕利落的将那些江河水道上混饭吃，帮派会门什么的各方势力人马，拿捏的没有一点脾气，这些年也由此在南方各道的水路上，占有了大量的利益，光是与驾部、都水监合营的水驿和船递，就利润丰厚。
这种官方独占其利的事情，自然有人眼红，但是后来又发生了一件事情，
乾元五年，河南、淮西兵还镇，又发北兵南镇，原属许叔冀的宋州兵乘船过扬州时，以衣粮被苛减，地方慢待为由，突然发生哗变，杀死押官强入广陵，大掠居人资产，禁拿拷掠商胡大食、波斯