但其官制地位却被传统观念的医家不齿，究其原因，那是因为祝由一派在行医治病上与传统医家有很大不同，其治病之法，深奥千里，浅学济急，未辨精微，类泛简便。
最后，到了明代中后期，祝由科因为种种原因而被排出在十三科之外，自此之后祝由一派的命运进入了一条分水岭。
明朝的嘉靖皇帝迷信道教，而当时的权臣严嵩严世藩父子以道家青词迎合嘉靖皇帝，把持朝政，祸国殃民，以裕王为首的清流一派借着清官海瑞的刚正斗倒了严嵩，后来裕王继位，也就是后来的隆庆皇帝。
隆庆帝非常厌恶道士，将自己父亲在宫里建设的道观统统拆除，那些豢养的道士全都驱离，而身为医家的祝由科也被以神鬼巫术之流清理出太医院，史称“隆庆之变”。
至此，祝由科被清理出医家十三科之内。
俗话说诊有三常，必问贵贱，封君伤败，及欲侯王。故贵脱势，虽不中邪，精神内伤，身必败亡。
当时的祝由医者分为了两派，一派认为自己身为御医，医治的都是些皇亲国戚，其人非富即贵，因此无论如何都要留在太医院中，即便不能，也要想办法成为各地藩王府中的座上宾。
然而另一派则嗤之以鼻，他们则认为宫中的病理与医治环境太小太少，长此以往渐渐地医术便会退化，无法提升自身的技能，再加上这一群人觉得身为医者应该心系天下救济苍生，应该把祝由术使用到民间去，为那些可怜的穷苦百姓治病，从此悬壶济世。
留在王公贵族府中的那群祝由医者，便成为了殿派，故殿派者，登堂入室之人。
而走入民间的那群祝由医者，则成为了山派，故山派者，游山走水，四海为家。
从此之后，祝由医者便分为了两派，殿派和山派，并且两派之间相互不齿，互无往来。