松井大将在一怒之下真恨不得立刻下令部队朝南京大举进兵，但这个念头在涌上来后立刻被理智念头给压了下去。蒋介石的“嚣张狂妄”让松井大将十分恼怒，但松井大将同时不得不承认，蒋介石确实有点资本，日本军队确实在上海吃了大亏了，除了陆军死伤十万人，海军也损失惨重，沉了一艘航空母舰、一艘重型巡洋舰、三艘轻型巡洋舰、两艘装甲巡洋舰，海军现在天天抨击陆军，骂陆军连累海军，陆军则对海军反击讥讽道“整天大吹大擂，结果连弱小的支那海军都解决不了，自己没本事，还把责任推陆军身上”，海军上下顿时气炸肺，陆海军争吵得没完没了，互相咬得一嘴毛。在这样的情况下，即便是最骄横狂妄的日本军人，也不怎么再提“三个月内灭亡中国”这种话了，松井大将也一样。
日本军队素来飞扬跋扈，日本内阁的文官们在日本军部的骄横军人们的面前从来都是战战栗栗、逆来顺受，而日本军部高层的这种作风使得自身也反受其害，因为日军基层部队、前线将领的骄横程度更是变本加厉，急于建功立业的他们往往擅自修改上级命令，以下犯上、越权行使，无论是九一八事变、七七事变还是南京战役，前线将领屡屡抗命，扩大战争规模，使得日本军部被基层部队牵着鼻子走，最后被迫默认木已成舟的事实。在原先历史上，南京战役前夕，日本政府和日本军部并未打算攻占南京，而是通过德国政府想迫使国民政府媾和，从而确保日本军队获得的阶段性战果，在这个时候，日本军政高层仍然没有下决心全面侵华。日本陆军参谋本部给松井石根和柳川平助下达的命令是：“扫荡上海附近之残敌，追击战线保持在苏州、嘉兴以东”，南京完全不是目标，苏州距南京约有二百五十公里，嘉兴距南京则超过三百公里，但上海前线日军里的狂热军官们却自作主张地决定了“以追击残敌为借口，向南京进击并攻占南京”的作战计划，有人质疑“我们此举没有得到东京方面的同意和支持，所以东京方面不会给我们提供让我们进击南京乃至攻占南京时所需的弹药、粮食，怎么办？”狂热军官们说道：“粮食不足，就地抢劫！弹药不足，打白刃战！”柳川平助的部队先出发了，松井石根的部队看到柳川部队甩开自己朝南京进击后，也按捺不住了，急忙紧随而上，不想把攻占南京的大功劳让柳川部队独吞（根据真实史料记载，日军攻打南京的部队因为是擅自行动，没有得到及时充足的后勤补给，所以在南京城外大肆搜刮粮食，很多日军其实是一边饿着肚子一边攻城的）。远在东京的日本陆军参谋本部参谋次长多田骏中将知道松井部队和柳川部队居然如此胆大妄为，大吃一惊之余急忙发去电报进行阻止，但松井和柳川根本不睬。以多田骏中将为代表的很多军部高层想要阻止前线部队攻击南京，但军部里大批少壮派军官却支持攻占南京，在会议上高喊“南京！南京！打进南京！征服支那！”就这样，日军高层在半推半就中默认了前线部队的乱来。攻打南京这种重大战事，在日军内部是这样被决定的。
但现在，一切大不同了。日军在上海遭到的惨重损失让松井石根、柳川平助、谷寿夫、中岛今朝吾等战争狂热分子都变得或多或少地畏手畏脚起来，不敢再掉以轻心、狂妄自大了，这使得日军没敢像原先历史上那样“假戏真做”地进攻南京，同时，日本高层试图通过德国政府跟国民政府进行谈判停战的意愿、力度也大大地超过原先历史上，另外，德国高层因为受到蒋纬国“蝴蝶效应”影响，隐隐地试图把中日两国都变成德国的盟友，导致淞沪会战后的中日战争局势发生了更大也更复杂的变化。