荀彧很少随军出征，而是“居中持重”，曹操虽然在外征战，但军国之事都由荀彧调度筹划。曹操问荀彧：“谁能代卿为我谋者？”荀彧说：“荀攸（荀彧侄）、钟繇”。荀彧善于举荐人才，起初举荐了戏志才，戏志才死后又举荐了郭嘉。此外，还举荐了陈群、杜畿、司马懿等人，都是当时名士。
荀彧从出谋划策转为后勤工作，以前干的是张良的事情，现在干的是萧何的事情，而荀彧的侄子荀攸接手荀彧原来军事参谋长的职务，随曹操东征西讨，出谋划策。
荀彧前期举荐的郭嘉，后期举荐的司马懿，陈郡都成为历史上知名人物，司马懿后来成为魏国的顶梁柱，陈郡推出九品正中制为曹魏政权稳定作为不可磨灭的贡献。
公元197年，曹操征张绣，大败而归，这个时候曹魏集团就出现了内部矛盾，怀疑和指责曹操的领导能力和作风问题。
同时袁绍又写信怒斥曹操，一个连张绣都打不赢的人，一个好色没有道德的人，有什么能力和资格匡扶汉室朝廷。
曹操接信后，非常的生气，荀彧说：“自古以来较量于成败场上的，如果真有才能，纵然弱小，也必将变得强盛；如果是庸人，纵然强大，也会变得弱小。刘邦、项羽的存亡，足以可以使人明白这个道理。现今与您争天下的人，只有袁绍了。
袁绍这人貌似宽容而内心狭窄，任用人才却疑心太重，您明正通达，不拘小节，唯才是举，唯才是用，这在度量上胜过袁绍；袁绍遇事迟疑犹豫，少有决断，往往错过良机，您却能决断大事，随机应变，不拘成规，这在谋略上胜过袁绍；袁绍军纪不严，法令不能确立，士兵虽多，却不能巧为任用，您法令严明，赏罚必行，士兵虽少，却都奋战效死，这在用兵上胜过袁绍；袁绍凭其名门贵族，装模作样，耍小技而博取名誉，所以士人中缺乏才能而喜好虚名者大多归附于他，您以仁爱之心待人，推诚相见，不求虚荣，行为谨严克己，而在奖励有功之人时无所吝惜，因此天下忠诚正直、讲求实效的士人都愿为您效劳，这在德行上胜过袁绍。凭借这四方面的优势辅佐天子，扶持正义，征伐叛逆，谁敢不从？袁绍强大又有何用？”
呈明利弊，劝解曹操，失败只是暂时的，人都会因为一些错误，导致失败，只要大方向是对的，最终还是能战胜强敌，赢得最终的胜利。
曹操听后非常高兴，荀彧还说：“如果不先取吕布，那河北也不容易图谋。”曹操说：“诚如您所说。但我所忧虑的，是又怕袁绍侵扰关中，引发羌、胡叛乱，向南引诱刘璋，那样的话我就要用兖州、豫州来对抗天下的六分之五了。那该怎么办呢？”荀彧说：“关中将帅数以千计，没有人能统一起来，只有韩遂、马超最强。他们见崤山以东地区正在争战，必定各自拥兵自保。现在如果以恩德招抚他们，派遣使者与他们通好，即使不能长久安定，但至少在您平定山东之前，足以不生变动。关西的事情可以托付给钟繇，这样您就可以放心出征了。”
荀彧一番话就解决了曹操的后顾之忧，谋士的厉害之处就在这里，他可以纵观全局，分析各个势力的动向，这叫料敌于先，有先见之明。
建安三年（198年）五月，曹操大败张绣；十二月，曹军攻入下邳，诛杀吕布，平定徐州。
建安四年（199年）四月，曹操派部将北渡黄河，击斩依附袁绍的眭固，攻占射犬（今河南武陟西北），控制河内郡（治怀县，今河南武陟西南）。由于曹操在内线作战中，集中兵力，各个击破，速战速决，逐步由弱变强，据有兖、豫、徐等州，为抗击袁绍集团准备了条件。
此时，袁绍击灭幽州公孙瓒，成为北方最强大的割据势力。六月，河北割据势力袁绍统带精兵数十万，战马万匹，企图南下进攻许昌。
围绕着是否抗袁的问题，在曹操集团内部又展开了一场辩论。名士孔融反对与袁绍抗争，他说：“袁绍地广兵强，有田丰、许攸等谋臣替他出谋划策，审配、逢纪等忠臣为他做事，颜良、文丑勇冠三军，为他统领军队，恐怕很难战胜！”
荀彧说：“袁绍兵虽众而法令不整肃，田丰刚愎而好犯上，许攸贪婪而不检束，审配专权而无谋，逢纪果决而刚愎自用，这两人料理后方，如果许攸家犯了法，一定不会放过，不宽纵，许攸必然叛变。至于颜良、文丑，不过匹夫之勇罢了，可以一战而擒!”一席话，坚定了曹操战胜袁绍的信心。
公元200年曹操官渡之战，取得胜利，欲南征刘表，荀彧劝进，应该继续收拾袁绍，为什么曹操会有这种想法？
袁绍跟曹操是哥们，打败了袁绍不打了，先收复姓刘的。
荀彧的想法是咋们的理想是匡扶汉复，先干掉袁绍，平定北方，南方直接招降就可以了，即使不肯降，刘表也是汉室宗亲做荆州牧是合情合法的。
曹操采纳荀彧建议花了七年时间把袁绍及袁绍势力连根拔起，平定了北方。
公元207年，曹操排除众议采纳郭嘉的建议远征乌桓，十二月大胜乌桓而归，这个时候的曹操心态的彻底的发生了变化。
第一件事，是向那些劝进他不要远征乌桓的人道谢。
第二件事，升荀彧的官职，把荀彧从尚书令上推到三公的位置，荀彧拒绝升官。
第三件事，曹操废三公称丞相，南征刘表。