全台除穿越者外移民人口共18661人，北方淡水城221人，新港城移民4533人，彰化移民2832人，云林移民3227人，嘉义县2588人，安平城3471人，凤山县为新设，当地垦殖基础不足，人数最少，共1789人。
人口正普查完成时，一同呈上元老院商议的还有鹿港附近发生的大事，新港附近村落接种不久后的村民，被马芝遴社之人强掳去，同时有两名痘师被抓去。
穿越者医生和痘师们在南部各地威望日隆，一呼百应之下，召集了不少人前去讨要村民与痘师，最终马芝遴社归还人员，村民倒是无事，但一名痘师已重伤不治，纵使用上现代医药也是无力回天，另一名痘师在被严刑逼迫之下不得不违背元老院禁令采集被掳村民手臂上的牛痘浓浆接种至土著身上，从此接种之法流传出去，此后彰化之地，时有村落遭受土著进犯，主要是一些没有痘种的土著们为了抢夺已种好痘的村民，目标便是村民们手臂上的痘种，同时顺势抢夺粮食耕牛，烧杀掳掠的也有不少。