牛痘病毒是一种可引起牛产生轻微牛痘病灶的病毒，它的症状通常是在母牛的**部位出现局部溃疡。人若感染该病毒，患者只会产生轻微不适，皮肤上出现丘疹，这些丘疹慢慢发展成水疱、脓疱等轻微症状，并产生抗牛痘病毒的抵抗力。由于牛痘病毒与引起人类天花病的天花病毒具有相同抗原性质，人接种牛痘苗后，也可以同时获得抗天花病毒的免疫力。
该病毒可在牛只、猫只以及田鼠等动物的身上找到。人类患病的个案极少，潜伏期十天左右，但对患有免疫系统缺陷的患者来说，感染牛痘病毒足以致命，只是患有免疫系统缺陷的人少之又少，在这个时代，就算不是已经死于天花，也早已死于各种疾病，甚至更本撑不到坐船顺利抵达台南。
医疗组集中讨论后确定，以现有的医疗条件，只能使用原始的方式进行牛痘接种。于是经上报元老院后，穿越者们决定在卫生部下面成立种痘局，召集各县医者或是年轻人加入种痘局并接受培训，教授接种牛痘的方法，并成为专业痘师深入各地村庄接种疫苗。
后世的痘师曾是一种高大上的职业，如鲁迅先生所处的年代，一名痘师为富人家的孩子接种牛痘，每接种一人，需收取半块大洋到一块大洋左右的钱财，这时候的痘师们每月收入几十块大洋是跑不了的，知识就是金钱，此话诚不我欺！
穷人无力支付种痘费用，于是痘师们对于穷人家的孩子，则多数是免费或是只收少量钱财，这并不是痘师们都是活菩萨，在发善心做好事，实在是利益相关罢了！
牛痘想从牛身上发展到足以接种的程度需要时间，且一头牛得过牛痘以后便再也难以从其身上获得原始疫苗。
时代限制下，疫苗很难保存，大多是手传手的方式接种疫苗，给第一批人接种后若是原始疫苗不足，痘师们便从这些接种后的人身上取下脓浆，给其他人接种。
但古代太多迷信的人，认为脓包浆水取出会伤及元气，宁愿挑破任其随意流淌掉也不愿给痘师们取来用于后续接种，不管是穷人富人，这种思想广为流传，于是一时间，痘种获取艰难。
后来，痘师们便大多为穷人孩子们免费接种疫苗，并且定下契约，接种后产生的脓浆任由痘师取用，痘师们广撒网到处接种牛痘，穷人小孩则成为痘师们的疫苗容器，一旦富人家需要接种疫苗时，便从其他小孩手臂上取下脓浆，给富人小孩手臂上轻轻划上一刀，再用脓浆感染伤口，直到20世纪时，这种接原始的种方式依旧广泛存在于各地。
目前南部的所有病牛身上脓疮发展到一定程度便被穿越者们秘密取下脓浆，接着在支援南部的医疗组众人示范下，教授种痘局的痘师们如何接种，以及如何处理接种后的不良反应，若是有严重不良反应的则送到各港口，自会有新港城支援来的现代医生接手后续治疗。
但是除了穿越者外，这些痘师知其然而不知其所以然，加上台湾的气候原因，这些人私下也将无法保存原始痘浆，牛痘疫苗技术只能牢牢掌控在穿越者手中。
而对目前已经感染的诸患者，只能是集中隔离起来，脓疮烂到一定程度的，则用上抗生素等药物辅助，虽说收效甚微，但也能缓解病人的部分痛苦，剩下的一切只能靠患者自己！
林家大儿子已是病入膏肓，他家小儿子虽说离开的早，但也已出现天花的早期症状，被集中于林家村照顾，天花病毒的可怕之处不光是全身长满的脓疱，大部分致死原因主要是由天花引起的合并败血症、骨髓炎、脑炎、脑膜炎、肺炎等并发症，这些并发症在古代哪一样都是棘手的恶病，哪怕是病人身子骨硬朗或是自身免疫力强，熬过了发病期并且痊愈，也要留下一脸的麻子，康熙也曾得过天花并痊愈，因此得名“康麻子”。
而此时的欧洲也是天花肆虐的高峰期，大多数人生来就得面对天花的死亡通知书，天花面前，众生平等。哪怕是各国王室成员，因天花病死，断绝继承人的也大有人在，活下来的都顶着一张麻子脸，导致当时的很多欧洲人人习以为常，认为麻子就和需要向国王缴纳的税金一样，是生下来就逃不掉的东西！
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整个九月份，岛上的各港口都出现了或多或少的疫情，元老院初步判断，病源是从海外贸易的商船上传过的，又通过活动在各村之间的行脚商贩流通开来，已有行脚货郎发病的例子。
之后天花的消息传出去，各海上商船来的数量也明显减少，贸易基本停滞，于是经元老院下令，各县主官配合，索性封停所有港口，先控制好自己家里的局势，等西海岸各地疫苗接种完备，再行开放港口事宜。
岛上各属地民众，接种牛痘疫苗全部免费，种痘局将率先供给各港口，之后在由港口逐步向内陆汉人村庄推进。
如此一套下来想完成所有人的牛痘疫苗接种，少说也得花上几个月，岛南地区的人和物的组织能力太低，加上新港城目前只是名义上的统治，无法有效的组织和动员。
岛南汉人不知凡几，正好借此疫情时机插手南部各县之事，各户人口登记造册，还有便是在各县施加恩惠，收拢民心，待时机一到，力量足备，岛南便有了改制的基础！
除此之外便是对于目前货币的推广，新港的金银币倒是推行不难，制作精美且大小重量相同的金属货币，很快博得了