大量沿海汉民的进入，对大员岛的经济结构，带来了深远的影响。早在明朝崇祯六年（1633年）的时候，内地来台的垦荒汉人，就把甘蔗带到了大员，这个后来成为大员支柱产业的农作物，从此开始在宝岛生根。更重要的影响就是牛耕的推广，到了明朝崇祯十三年（1640年）的时候，整个大员岛的耕牛总数已经超过了一千头，大部分都是垦荒百姓用船从内地运来。晚明时期的大员农业，以水稻和蔗糖为主，辅以烟草，大麻，生姜，棉花等经济作物。
荷兰人对汉人压榨的变本加厉，是从崇祯八年（1635年）大规模征服高山族部落的战争开始的。随着大批高山族部落被荷兰人征服，岛上屯垦的汉人，其实也等于是被荷兰人包围了。因为高山族部落大多在山区，而汉人屯垦区却多在平原，外加荷兰人不断修筑碉堡工事，本来就失去郑芝龙这个海盗靠山的岛上屯垦汉人，也就越发的“人为刀俎我为鱼肉”了。
身为“刀俎”，在宰割汉人方面，荷兰人当然是不会客气的，从崇祯八年（1635年）开始，各种针对汉人的法令就不断出台，就以最简单的走路来说，汉人经过高山族的村落，山川，都要向荷兰当局缴纳“过路费”，崇祯八年（1635年）四月，荷兰人规定，汉人不能私售鹿皮，只能卖给荷兰当局，两年后又规定，汉人在热兰遮，赤坎等地区买房卖房，都要缴纳十分之一的税款。崇祯十二年（1639年）开始，汉人买盐要交税，种植甘蔗不许私自出售，只能以低价卖给荷兰当局，以方便荷兰人制作白糖牟取暴利。崇祯十七年（1644年）开始，汉人购买糖，蜡烛，烟草，鱼，甚至过年杀猪，冬天取暖，都要按照货物交税。按照荷兰当局的人口统计，从崇祯十二年（1639年）到顺治十一年（1650年），大员本岛的汉族人口大约增长了百分之八十七，但是缴纳的赋税，却增长了十五点八倍，可谓竭泽而渔。当时一位东印度公司高级职员的话说：“我们简直想不出，还有什么办法可以从汉人手里拿到钱。”
“宰”的如此狠，汉人的社会地位自然低，荷兰当局于崇祯五年（1633年）出台禁令，禁止大员岛汉人拥有武器，违者轻者坐牢，重者甚至要枪毙，荷兰驻军有敢擅自卖武器给汉人者，也一律处以死刑。甚至连外地的汉人乘船至台，登岛后第一件事也是交出武器。而荷兰人在大员做的另一件恶劣的事，就是挑拨恶化大员岛上汉族与高山族之间的关系。
以荷兰人针对高山族部落办的“忽悠大会”来说，每次会议的主题之一，就是诋毁丑化汉人，每次集会上，荷兰的地方长官只要说到汉人，往往在高山族酋长面前宣传汉人是“卑鄙，懒惰，下流无耻的强盗”。长期的“丑化教育”，也加剧了高山族与汉族之间的隔阂。除了严加防范外，荷兰人更推出“种族隔离制度”，从崇祯十三年（1640年）起规定，汉人不许在高山族的聚居区建房子，更不许未经许可，擅自和高山族住民接触和贸易。他们甚至在高山族村落中悬赏，凡是抓住擅自进入高山族村落的汉人，每抓住一个，可以获得五里尔（荷兰货币）的赏钱。在荷兰人建造的热兰遮，赤坎两城，更出台了“宵禁令”，晚上九点钟以后，汉人在城里没打灯笼，就不许穿过六个房屋以上的距离，违者罚款，如果是一群汉人走路，则只允许提一个灯笼，违者也罚款，而如果一个汉人提着灯笼走路，不小心走到了热兰遮城尽头的房子边，还是要罚款。如上种种，直把汉人变成二等公民。
荷兰人最早的奴化教育，就是宗教思想的传播，这一点，从他们登陆大员的早期就开始了，早在明朝崇祯三年（1630年），荷兰传教士康迪钮斯就曾致信东印度公司总部，要求东印度公司用立法的形式，规定大员当地高山族部落必须信奉基督教。但是荷兰人担心此举会招来各族的反抗，因此暂未成行，此后多年，荷兰人大肆征服高山族部落的过程中，每次战役，都有随军的传教士参加，这些传教士通常都是“一专多能”的，打仗之前，主要做特务，混入各族部落中刺探情报，打仗的时候，主要做医生，给受伤的荷兰兵治病，打完仗以后，又摇身一变成了传教士，兼职做老师，主要工作就是诱导高山族部落信教，并且在当地讲课。从明朝崇祯十五年（1642年）荷兰人赶走西班牙人后，荷兰人开始用立法的形式，强迫当地高山族信教，比如他们规定，每个部落定期都要有传教士去上课，不来听课的，就要受到一张鹿皮的罚款，但是以当时高山族的生活条件，一张鹿皮可以算是天文数字了，根本不力缴纳，所以表面上自愿的信教，也就变成必须信教了。
为了能让基督教起到奴化作用，荷兰人甚至很“大逆不道”，擅自曲解修改基督教教义，基督教里关于和平平等的东东，这些传教士们能不讲就不讲，反而加上了许多“惩罚异教徒”之类的莫须有内容，以收忽悠之效，比如每当荷兰人要征讨其他高山族部落的时候，传教士们总打着上帝的名义，在其他部落广招教友，用其他部落的力量，来替荷兰人打其他高山族，制造的结果，就是高山族各部仇杀内斗不断，荷兰人不费吹灰之力，即巩固了他们的统治。
随着荷兰人控制区