随着塔拉贝克河战役的结束，帝国开始了近千年的混乱局面。所有的选帝侯都意识到只要自己有着足够的军队和力量就可以获得并保有自己的利益。因此，在接下来的千年内，帝国中央政府的权威几乎濒临崩溃的边缘。
不列颠领当时看到了机会，认为时机已至。因此，在塔拉贝克河战役十年后，挑起了第一次韦斯特战争，登陆韦斯特领，直接占领了霍瑟尔地区，并且直接围攻了玛丽恩堡。这场围城战持续了两年，最终以不列颠领的失败告终，并最终退回了布列塔尼亚群岛。
在此之后不久，1449年，一场对于巴托尼亚和帝国的影响都极其深远的战争在南方王国境内爆发，即阿拉比圣战。埃斯塔利亚遭到阿拉比王国大规模入侵，因此向巴托尼亚求援。巴托尼亚因此在全国召集了一场骑士战争，远征阿拉比。
而在这一时期，由于帝国内部动荡不安，各个选帝侯势力之间不断内斗，帝国各个骑士团对此极度失望。恰逢阿拉比圣战开始，帝国各个骑士团因此认为这场战争更能体现骑士精神，于是超过十二个骑士团的部队携带着精锐的重装骑士加入了阿拉比圣战之中。他们率先击退了围攻埃斯塔利亚的阿拉比军队，然后南下远征位于阿拉比海岸和刺客之地的阿拉比王国。
1457年，阿拉比圣战末期，米登领选帝侯宣布自立为皇帝，成为了帝国眼下的第三位皇帝。同时，尤里克教派与米登领妥协，尤里克教派回归米登海姆，但是代价是尤里克教派神职人员不得娶妻，不得生子。
而就在这时，米登领皇帝宣布与塔拉贝克领皇帝开战，塔拉贝克领皇帝则宣布与当时刚刚由西格玛教会所扶植的努恩领皇帝开战，三方直接进入了一个高度紧张的态势之中。与此同时，努恩领皇帝将米登领西部一个行省直接独立出来，并且给予了他们当初那个被废除掉的选帝侯领的符文之牙，而这把符文之牙原本应该是被锁在米登海姆的宝库之中的。
帝国历1681年，希尔瓦尼亚宣布从帝国中独立出来，不过由于此地的死灵魔法本身就非常重，在此之前基本也并没有人在意，所以并没有受到原本控制这里的斯提尔领的反对。
之后，在帝国历1707年，最强的绿皮军阀之一，铁爪哥巴德从黑火隘口掀起了一场大规模的入侵，杀死了索尔领的选帝侯，并且彻底摧毁了索尔领。使得之后威森领得以吞并索尔领，而代价则是原先威森领的城市努恩从威森领之中独立，成为了类似米登海姆一样的自由城邦。
哥巴德的入侵持续了五年，在洗劫了五年之后，一度包围了阿尔道夫。阿尔道夫在当时是皇帝西吉斯蒙德四世的首都，而皇帝在这场战役被一只双足飞龙所杀，但是最终这场战役以帝国的胜利告终，哥巴德在撤回世界终末山脉时遭遇矮人伏击而失踪。
1797年，弗拉德·冯·卡斯坦因成功控制了希尔瓦尼亚，成为了第一位吸血鬼公爵。同时，韦斯特领选帝侯当选皇帝，但是其只有韦斯特领和其他三个选帝侯领的支持，其余选帝侯并不承认其帝位，甚至西格玛教会大宗师宣布皇帝地位空缺，没有任何人是皇帝。
这时，不列颠领选帝侯看准了机会，再次入侵韦斯特领，第二次韦斯特战争爆发。在占领了霍瑟尔地区之后，在一场与韦斯特领军队的决战之中彻底击败了韦斯特领的皇帝，巩固了不列颠领对于霍瑟尔地区的统治，同时向北扩张，与那块位于劳伦洛伦森林的飞地连在了一起。
但是这一行为遭到了其他选帝侯的排挤，最终不列颠领遭到了来自其他选帝侯领的围攻，一场战斗中惨败给了其他各领的联军，因此放弃了占领的地区，再次退回了布列塔尼亚群岛内。
帝国历1905年，奥斯特马克领，这一原本在上个千年的大扩张之中被塔拉贝克领所吞并的选帝侯领，此时重新在奥斯特领的支持下独立出来，恢复了奥斯特马克联邦的选帝侯领的地位。
在2010年，弗拉德·冯·卡斯坦因认为时机已至，带领大量军队入侵帝国，希望成为帝国第一名吸血鬼皇帝，打响了吸血鬼战争。斯提尔领和奥斯特马克首当其冲，并在接下来几年内不断扩张，最终围攻了阿尔道夫，但是最终战役失败，弗拉德也死在了战场上。但是此时选帝侯已经意识到了吸血鬼的危险，最终持续了一百多年的吸血鬼战争以帝国的胜利而告终，冯····卡斯坦因家族被迫退回希尔瓦尼亚。
2302年，北方发生了著名的混沌大入侵。永世神选艾萨瓦库统一了北方的各个诺斯卡部落，纠集了一支庞大的混沌军队南下越过棱斯克河，包围了厄伦格拉德和普拉格，基斯里夫因此向帝国求援。
而就在此时，不列颠领同样遭遇了危机。一支诺斯卡部落的军队直接登陆了布列塔尼亚群岛，将大部分村庄城镇毁灭，并包围了不列颠尼亚。第二次不列颠尼亚战役打响。围城战持续了整整一年，最终随着基督骑士团和医院骑士团的帮助下击溃了围城的诺斯卡军队。
2303年，不列颠领选帝侯选择听从马格努斯的建议，亲率不列颠领的军队和骑士团跟随马格努斯前去解救基斯里夫。并于2304年参加了与混沌大军的战斗。同年马格努斯成为帝国皇帝。
2369年，马格努斯逝世，选帝侯会议授予其虔诚者的谥号。
2429年，通过贿赂迪特尔四世，玛丽恩堡和韦