明代漕运还有一大弊端，即为征收漕粮时的加耗。宣德年间，明廷颁布了运输漕粮的加耗则例：每石税粮所加耗粮：湖广为八斗，江西浙江为七斗、南直隶为六斗、山东河南三斗。
尽管有了则例，但是各级官府能放过交粮的小民吗？所以有别的加征，如“两尖米、鼠耗米、补湿补润米、筛飏米”等等名目，还有漕船通关的加税以及建造漕船的料银摊派——杂七杂八加起来，一石米的加耗基本也是一石米，也就是说漕粮的征收一直处于翻倍状态。
这般加耗，当然会导致民不聊生。后来朝廷无奈，加上各供应漕粮的省份有此起彼伏的灾情，后来明廷对漕粮征收进行了改革——折色。即不收大米，直接收银子、铜钱。运到京师后，再用这些钱来买米——商人运粮，这些加耗就没有了，只有过关的税银。
这折色法从成化年间十万石开始，一路飙升。到嘉靖时期，最高到二百一拾万石，占据全国漕粮一半以上。到了隆庆帝，成了定例，每年一百万石，一直到朱翊钧主政。
折色征收漕粮开始是为了解决灾情的权宜之计，到隆庆帝时形成定例，其实是商品经济发展到一定地步的必然。
也就是说，南方产粮地区已经出现了大规模的粮食交易，农民才有钱交折色——而漕运发展到此时，运道艰难，漕船缺失、漕军逃亡，原定的四百万石漕粮征收运输任务已经望不可及。京师百姓的口粮问题的解决，很大部分靠商品粮的输入。
王宗沐在漕运上的见识，即为敏感的发现了这一点。因漕运折色触动了漕运利益集团的根本利益，朝廷一直有反对之声，也有人经常说折色违背祖制，并引用嘉靖帝对当时漕运总督的批评“自今遵祖制，毋轻变”这句话来反对折色政策。
王宗沐则给朝廷算账：“今云不可改折者，不过曰京仓之积渐寡也......每岁约以三百石入运，而恒出一百万以收其盈。每石以八钱折，而以五钱放，计得三钱，则一百万石当得三十万金。再加减存军船三千二百五十余只，每只以扣留行月二粮，赏钞银四十两计之，又得一十三万两。”如此行之几年，国家可得大利。
啥意思呢？王宗沐认为，每年粮食生产是定数。不在甲处，就在乙处。如果京畿粮少，必然粮价高，那么商人会运粮过来贩卖，就会把粮价打下去。
而每年折色是按照粮食石数折的，这粮食相当于已经在朝廷账上了。那么这一百万石粮食因为没有漕粮加耗，每石会产生三钱银子得账面收益。这笔银子当然可以计入财政收入，因此“国家可得大利”。
要不怎么说王宗沐这个总漕被视为奇葩呢？他的所思所想，所作所为，一直在挖漕运利益集团的墙角——因此万历三年，被一拥而上的攻击就不足为奇。