南北的争端，并不局限于军中，朝堂之上，也是如此。张居正、戚继光去世后，继任者多是北方人，多少会偏向老乡。等支持南兵的宋英昌被罢官后，南兵更加势单力孤，无人为他们说话，前面答应的饷银，更是不知找谁去要。
蓟镇总兵王保，当然就是北方人。
所以，蓟镇兵变的爆发，就是南北矛盾的爆发，在这次兵变中，缺少支持的南兵被心怀怨恨北方军官诱杀，随后扣上个谋反的罪名，这才是事实的真相。
兵变深层原因
不过如果再往深层次探究，这就反映出明朝军队制度乃至政治制度的弊端。
明朝军事，从起初的军户制到随后的募兵制，发展到万历晚期，已经运行得越来越艰难，从根源上，又与财政息息相关。仰赖张居正改革十年间，国库得以充实，不过三大征一打，就再也没有恢复。
“皇帝不差饿兵”这个说法，估计深居皇宫的万历没有听说过，崇祯应该也没有听说过，正是他们不断的差“饿兵”，“饿兵”都变成了“贼兵”，最后，大明终于亡于“饿兵”手里。
蓟镇之变，其实可以看做是对万历，对明帝国的一个警告。身为九边重镇之首的蓟镇出了这样的事，一定是哪些制度、哪些环节上出了问题，这样继续下去，大明帝国很危险！
可惜，万历和群臣选择性忽略了。
这件事的罪魁祸首蓟镇总兵王保，事后受到了什么追究？
什么都没有，王保随后替代董一元镇守辽东，卒于任上，死后赠左都督。
南兵将士们半年前刚刚为国家远征归来，在异国土地上扬名立万，在战争中奋勇当先。可是，这些军人，没有在战场上死于日军枪林弹雨，却在驻地被自己长官诱杀。国家就是这么对待功臣的？这是人干的事吗？
蓟镇之变后，戚继光花费十六年，苦心积虑构筑的防线很快失去了作用。三十多年后，皇太极指挥清军长驱直入，大明的北边各重镇不堪一击。在清军面前，它们仿佛已失去了屏障作用，只剩一道道边墙。
这是万历二十三年，也就是1595年的事情，再过49年，明朝灭亡。