因此，自此之后百姓对他恨之入骨，也激起各地群雄的痛恨。
不过，董卓受周毖、伍琼之言，为收纳名望和平息反对，重新任用党人，荀爽、陈纪、韩融都不自愿地受到任用，又以袁绍为勃海太守、韩馥为冀州牧、刘岱为兖州刺史、孔伷为豫州刺史、张邈为陈留太守、张咨为南阳太守等。
但这些举动也不能平息各地愤恨。
在京师的袁术因畏惧董卓而逃到南阳，而曹操认为董卓必定会败亡，所以亦逃出洛阳。
挟天子，压诸侯，戮公卿，荼毒百姓。
东郡太守桥瑁「有志讨逆，但恐势孤力弱，不足济事，乃假称三公密杖」，移文众诸侯。首先起兵响应的是「日夕募兵，有图卓意」的勃海太守袁绍，继之是韩馥、袁术、袁遗、刘岱、张邈、张超、鲍信、王匡及曹操，梢后，接到檄文的长沙太守孙坚、上党太守张守也加入了反阜同盟。
14路诸侯，几十万人马，以河内、酸枣、南阳为基地，兵分三路，进逼洛阳。但是当初董卓的势力还相当强盛：众诸侯又都想借讨伐为名，扩大自己的实力，不可能结成坚固的联盟。加上盟主袁绍缺乏指挥大兵团作战的能力。14路诸侯非但没有把多行不义的董卓杀掉，反而吃了不少败仗，作为盟军先锋的河内太守王匡，被董卓部将用疑兵打败于河阳津。奋武将军曹操，还没有抵达虎牢关，就被中郎将徐荣打得一败涂地。在汴水，曹操的战马被射死，肩膀受箭伤，若不是曹洪的拚死相救，三国的历史也要重写了。
一向勇烈过人的长沙太守孙坚，也被徐荣将了一军，损兵折将，退居阳人。但是，在这14路诸侯中，孙坚并非平庸之辈。当徐孙两部再战于阳人时，孙坚出奇兵。射死了徐荣的先锋大将华雄，使所向无敌的徐荣，锐气挫尽，大败而归。董卓派陈郡太守胡轸、中郎将吕布统率大军后援徐荣，终因胡轸自恃资深历厚，不屑与吕布为伍，使吕布大动肝火，乘机作乱；当部队刚在阳人附近扎下营寨，天色已晚时，吕布大喊：“孙坚来劫寨了，胡轸不战先逃。引起一片混乱，人马自相践踏，死伤无数。
当胡轸收拢残部，察看敌情，并未发现有追军时，为时已晚了，他觉察到是吕布在兴风作浪后，使不战而退。
孙坚的“不战而屈人之兵”，使董卓大惊。
此役的胜利，迫使董卓退守长安，把一座空城洛阳让给了孙坚。
逃到陈留的曹操，散尽家财，又得到孝廉卫兹的帮助，组织约五千义军准备讨伐董卓，于中平六年（189年）十二月在己吾（今河南宁陵）起兵。
广陵郡功曹臧洪劝说广陵太守张超起兵反董卓，随后臧洪联络陈留太守张邈、兖州刺史刘岱、豫州刺史孔伷、东郡太守桥瑁一同在酸枣会盟反董。
另一方面，桥瑁诈称京师三公发信给各州郡，陈述董卓的恶行，希望各地方举兵，当时韩馥对袁绍有戒心，派人看守袁绍。当韩馥接信后疑虑该帮袁绍还是董卓，但被其治中从事刘子惠反说救国，又何以是帮袁绍还是董卓，认为先看其他人的举动才作行动，韩馥同意，便书信给袁绍陈述董卓的恶行，看袁绍有何行动。
初平元年（190年）正月，各地太守刺史起兵，打出讨董的旗号，当中包括：
渤海太守司隶校尉袁绍
陈留太守张邈
冀州牧韩馥
豫州刺史孔伷
兖州刺史刘岱
河内太守王匡
南阳太守后将军袁术
广陵太守张超
长沙太守乌程侯孙坚
东郡太守桥瑁
山阳太守袁遗
济北相骑都尉鲍信
当时袁绍与王匡屯兵河内，张杨亦率数千人投靠；张邈、刘岱、桥瑁、袁遗与鲍信屯兵酸枣，曹操则属于张邈军下；袁术屯兵鲁阳，孙坚从长沙赶往与袁术会合；孔伷屯兵颍川；韩馥则留在邺城，给与联军军粮。各群雄都推举袁绍为盟主，但只有鲍信认为曹操才是最有能力推翻董卓。袁绍自号车骑将军，其他人都有被假授官号，如曹操就被授行奋武将军。迁都长安
面对关东诸侯军的势力，董卓大为震惊，又董卓女婿牛辅以兵三万征讨伐河东白波军大败，担心两方连络，便先在正月十二日癸丑（3月6日），派李儒鸩杀了废帝弘农王刘辩，又与众臣议论要发大军对抗关东诸侯军，但被郑泰劝阻。后提议迁都到关中的长安，杨彪、黄琬一再劝阻，被董卓在二月初五日乙亥（3月28日）以因灾异免去黄琬、杨彪等的职务，伍琼、周毖仍认为不能迁都，董卓便在初十日庚辰（4月2日），以向敌通讯而杀死了当初举荐袁绍、刘岱等升官的周毖与伍琼等。但董卓又后悔杀死了二人，便重新任用黄琬、杨彪。
但迁都一事并没有停止，在十七日丁亥（4月9日）开始，董卓以车驾先送献帝西迁。又以步兵、骑兵逼徙洛阳数百万人到长安，百姓被人踩死、被马踏死、饥饿而死、遭抢劫而被杀的堆满道路。董卓则留在洛阳毕圭苑，下令捉拿富翁，以罪名将他们杀害，没收财产，死者不计其数。又派吕布掘开先帝帝陵及公卿以下的冢墓，没收内里的珍宝。
三月初五日乙巳，献帝到达长安，因董卓未到，便以王允辅政。最后初九日己酉，放火烧了洛阳宫庙、官府、居家，洛