祭奠完忠烈之后，紧接着就是祭宗庙了，这也是今日的一大事。向大明列祖列宗宣告大明成功复国，驱逐鞑虏，延绵国祚。
这场祭祀的主角，就由白明修换成了朱由榔。尽管这天下是白明修打下来的，朱由榔只是一个看客，但名义上他还是大明的皇帝，这个工作得由他来做。
永历皇帝乘坐礼舆金辇，有法驾卤簿引导，一路有擂鼓军乐，万千官民随行。白明修则是徒步，祭礼不能骑马，白明修也不合适乘轿子，实际上白明修从来就没有坐过轿子。
负责祭礼的官员们，将历代大明先帝的神位陈列于前殿宝座，按照仪程，永历皇帝朱由榔进行盥洗，完成后由左门入殿就位。在此之前，朱由榔和白明修都按照极为复杂的仪轨进行斋戒，也就是常说的散斋三日、致斋二日，不近荤腥不近女色（太子殿下表示也没有女色他能近），不饮酒，不接触刺激性的食物饮品等。
永历皇帝就拜位而北立，等待仪式开始。
比起之前更多是白明修参照后世缅怀先烈方式搞的国士祠之祭，宗庙大祭就正式许多了。中华文明繁杂的文化程度由此可以展现，许多祭礼的内容都是周代传下来的东西，经过一代代地增加或者修改，成为了今天这个样子。对于许多的外国人来讲，很难想象来自三千年前的仪式，仍旧在现代采用着。
宗庙大祭虽然随祭观礼者众多，不过真正的活动基本上都发生在主祭人和其他祭官身上。只不过参与祭礼的官民们，仪表有非常高的要求，而且绝不可能大声喧哗之类的无礼之事。
朱由榔向大明的列祖列宗上香行礼，礼毕之后，再返拜位。