“黑大帅，你说派谁去新疆好呀？”龚继昌问计黑大帅黄庆功。
“大人，这时含糊不得。郤宗棠大人治军严谨不论，这次攻打的对象是受到斡罗斯与鹰击黎等番邦势力暗中支持，不同于苍狼军与苗军。末将以为还是将军亲自出马比较好。”黑大帅回道。
“还是把机会让给年轻人吧，本督的职位已经到了最高等级了，加一些战功也没有多大用处的。”龚继昌微微一笑。
“要不这样好了，让熊万闵挂帅出征，让吕望做为副将，培养他的实战经验。”祝荣楚建议道。
“不可。熊万闵统领水师，陆战能力欠缺的。”龚继昌罢手道。
“对了，我们不是还有更合适的人选么？”黑大帅这时想起在贵茅郡镇守镇远府的副将龚天元。
“谁呀？”龚继昌问道。
“龚天元将军。”黑大帅说。
“不可。如果他离开了镇远府，那里会乱套的。”龚继昌摇摇头。
“还是让我去吧，大哥。”祝荣楚毛遂自荐。
“哎，你一个书生，怎么可能让你去冒险呢？”龚继昌不同意祝荣楚的请求。
“这也不行，那也不行。郤宗棠大人催得紧，我们不能耽搁时间了。”黑大帅说。
“看来，只有本督亲自上阵杀敌了。”龚继昌一甩战袍，提着佩剑就出了营帐。
不久，龚继昌带着3000精锐，以吕望为副将，不远万里奔赴新疆的战场。一到新疆，新捷营作为打头阵的部队，协同刘锦棠作战。
光煦三年，4月14日。刘景堂率主力1.5万人从迪化出发，三日后，抵距达坂城百余里的柴窝铺，当夜部队衔枚疾进，17日凌晨包围了达坂城。
城内的维吾尔人民听说清和军来了，冒着生命危险潜出城外，向龚继昌报告说叛军盼援不到，正在商议议突围而走。
龚继昌作为先锋部队，得知敌人无斗志，率军猛攻，歼敌两千多人，生擒1200多名，连阿古柏的亲信大总管爱伊达尔呼里也被活捉。攻克达坂城后，清军兵分两路，一路赴吐鲁番，一路到托克逊。
吐鲁番守敌白彦虎早已逃跑，马人得被迫率部下一万多人投降。龚继昌军行抵托克逊附近的小草湖，受苦受难的当地维族群众马上赶来报告：“叛军闻知达坂城已失，大小头目俱惊恐逃窜，匪首白彦虎让手下死党四处抡掠人畜，焚烧村庄，威胁百姓一同逃跑，求大军赶快救援。”
龚继昌挥师急进，立复托克逊城，解救了两万多百姓。打下了吐克逊城之后，龚继昌一部受到了回民的热烈欢迎。为了追击率领余众逃窜到开都河一带的白彦虎，龚继昌孤军深入五百里，在一处沙漠绿洲里，终于沿着追上了那股望风而逃的叛军。
这绿洲处在沙丘的中间，里面到处都是胡杨林，很难发现叛军的存在。龚继昌趁夜对这股叛军发起了攻击，击毙叛军2000余人，但白彦虎还是逃脱了。
龚继昌提出带兵在斡罗斯非法侵占的领土上，将白彦虎捉拿归案。郤宗棠也同意了他的提议，郤宗棠正欲趁热打铁，挥师追剿叛军首领及其残部时，突然接到朝廷敕令，说什么廷臣聚议，西征耗费巨款，今乌城、吐鲁番既得，可以休兵。
郤宗棠看罢仰天长叹道：“而今正当擒贼之机，廷臣竟然圈定作茧之策束我手足！“于是他与龚继昌联名上疏抗旨，据理力争。