因此，在镜下，甚至肉眼也能看见红、蓝、绿等颜色的织物纤维，经纬分明。
昆虫虫卵残体
多在古玉的缝隙中。
水渍
在地质及大气条件较为稳定的情况下，埋藏地的地下常常有微细的潜流，涓涓不息、常年流动，浸润、侵蚀着玉的表面，形成流动状的、深深浅浅的水渍。
植物根茎印痕
某些植物根茎有无孔不入的特性，植物蛋白新陈代谢而分解的酸性物质可以对器物的表面造成侵蚀，所以能够看到有清晰叠压关系的根须状印痕。
碳化痕
古人有“灸玉”习俗，烧过的玉器有生物碳的附着和渗入，呈点、面分布，往往很深入，无法消去。
驱邪矿物残留
自然界的一些矿物有杀菌、驱虫、防腐的作用，古人以为它们有驱妖辟邪的功效，将它们置于墓葬和居所里。
因此，有一些古玉被赤铁矿、朱砂、雄黄等矿物粉末包裹或浸染，通过放大镜甚至肉眼就可以看到器物表面或缝隙中残留的矿物颗粒，在水化合以及弱酸作用下。
致色离子由表及里渐进、深入地渗入玉器内部，颜色绚烂夺目。考古发现，距今两万年前的山顶洞人就将大量的赤铁矿粉末撒在山洞中，也因审美的需要，将石灰岩制成的珠子染成红色。我国战国和汉代的大型墓葬中，经常有大量的朱砂以及被朱砂染得鲜红的玉器，如越王墓。