但是，现在的分税制在实际操作中遇到的问题也比较多。
现在回头看看，从一九九四只进行的分税制改革更像是一个半拉
当时只是明确了中央和各省之间财权或者说是税收的分享比例，事权却没有界定清楚，事权和财权不匹配，而中国这种大一统的垂直型行政管理体制，又导致上一层级政府很容易把很多事权、很多支出责任推给下一级政府。所以到了去年的时候，大量的学术文章都在讨论地方政府的财政破产问题。
地方政府及其部门也搞了很多非规范的收费项目，搞了所谓的全民创收，结果带来了大量的和政企不分问题，后来地方政府找到了土地财政的出口。从一九九七年开始，中国开启了住房信贷，一九九八年搞住房福利制度改革，这时候地方政府突然看到一个现金流，就是土地可以卖钱了。
最先是大连，青岛等搞的城市运营计划”以及上海浦东的两岸一江规划，此后迅被全国复制。但现在看这种寅吃卯粮的模式很难持续下去，这使很多人不得不重新回头来审视当年的分税制改革。
分税利名字好听，大家原来以为是财政分权了，与国外接轨了，实际结果是财政集权。当时的目标也是两个提高，提高财政收入在国内生产总值中的比重，提高中央财政占财政总收入中的比重。
改革的主要着眼贞是增强中央政府的宏观调控能力，明确中央和地方的财力分配关系，将税种统一划分为中央税、地方税和中央地方共享税，分设中央和地方税务局，由此建立中央和地方之间的分税制财政管理体制，这就是分税制财政管理体制的名称由来。
根据国务院的要求，当时各级地方政府基本上参照中央对地方体制的做法，从地方集中税收收入。这样一种自上而下推行的分税制财政管理体制改革，为上级政府集中下级政府的财政收入提供了制度化的路径。
也就是说，这种财权向上集中的思维不仅在中央政府层面，而在省、市、县层面前形成了从下级政府集中资金的思维逻辑。由此导致了提供公共产品与服务的事权不断下移，而财权不断上收，县乡级政府的财权和事权日益背离，很大程度上加剧了其财政困难。
当时为什么搞分税制改草，其实很大程度上是因为八十年代搞的的财政包干制度使中央财政的提取能力下降了。
中央政府与地方政府的博弈中，中央政府越来越没钱了，的方政府却越来越有钱了，当时的珠三角等地的地方政府与中央政府的谈判能力在增强，而在这种大一统的行政体制架构下，最让人担心的就是诸侯经济，所以当时的中央决策者们就急了，这样下去怎么行？
当时地方政府收税，中央政府不独立收税，根据包干制，地方政府扣掉上交中央的，剩下的归自己。
在这种制度安排下，地方政府完全可以少收税，多收费，因为收的费都是地方的。甚至一些地方让企业自己承担公共基础设施建设，比如企业自己门前的公路。由企业自己修好，而政府则是答应企业少纳税。
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