在江都之变后，宇文化及率领所有能战之士，十几万大军北上，江都仅剩陈棱的一支弱旅。
此时，江都就像是一群恶狗眼中的肥肉，谁能想来咬一口。
最先来咬的是海陵李子通，他率领数万人前来攻打江都。陈棱守不住，只得向杜伏威和吴郡豪强沈法兴求援。
二人均不愿李子通占领江都，于是都派出援军，杜伏威是亲自领兵，沈法兴则派出自己的儿子沈纶。如果只有一方派出援军，也许事情就简单得多，但既然双方都来了，结果就是谁也不动手，大家互相观望。
李子通抓住杜、沈双方互不信任的弱点，派出小部队化装成沈部夜袭杜伏威，杜伏威果然上当，怒火中烧下，下令立刻突袭沈部，两路援军先打成一团。李子通于是得以全力进攻江都，陈陵势不能支，弃城而逃，投奔杜伏威去了。（后被杜所杀）
李子通占领江都后，以得胜之师进攻沈纶，沈兵败逃走。三大势力中本以杜伏威兵力最强，结果反而让李子通取巧占领了江都，杜伏威对此深恶痛绝，但大局已定，也只好愤愤收兵。
隋失其鹿，天下共逐之。此时正是大业末年，天下大势都处在最关键的时刻，隋炀帝被弑，天下最大的诸侯都在打得难解难分，根本看不出大势的情况下，杜伏威居然向李唐政权请降了！
虽然，这种归降只是名义上的，李渊此时不可能来干涉杜伏威的事务，杜伏威仍然是一家独立势力。但由此可见，杜伏威此人并无天下大志，其起义只是形式所迫，所图的和翟让一样，在乱世中保全一方而已。
其后，便是精彩的江淮三巨头混战。李子通率先难，全力进攻沈法兴，渡江攻克了沈的重镇京口，又击杀了沈派来迎击的大将蒋元，沈主力丧失殆尽，只得放弃丹阳、毗陵，逃回吴郡老家。
趁李、沈交战，杜伏威以辅公佑为主将，阚陵、王雄诞为副将领数千精锐进攻李刚刚夺取的丹阳。但时机没掌握好，沈法兴败得太快，李子通得以亲率主力数万迎战，军容极盛。辅公佑眼看众寡不敌，情急之下，将上募兵分成三部，挑选千人持长刀为前锋，又以千人紧随其后，自己领其余兵力再紧随其后，宣言说，前阵有退后者，后阵斩之。江淮军本就剽悍，再有如此严酷的军法，自然人人奋勇向前，尤其前锋的长刀阵更是有进无退。
双方一接战，李子通部气为之一夺，当即败退。辅公佑当然爽得不行，亲自大队追击。不料，李子通整军再战，反大败毫无阵列的上募兵。
当夜，李子通因取胜而轻敌，扎营不设防备。王雄诞力劝辅公佑夜袭，辅公佑因为白天损失太大，不敢出击。王雄诞干脆擅自领了几百人自行出击。
王雄诞在李子通营中大肆纵火，李子通促不及防，大败溃散，几万人一夜间散个干净。这一仗是杜伏威与李子通的决战，关系到江淮的霸业，杜伏威所部的数千精锐先胜后败最后全胜，戏剧性地击破十倍于己的李子通主力。
打败李子通后，杜伏威在江南威势已成。李子通不敢搏杜伏威的虎须，收集残部两万人，转而爆锤沈法兴，夺了沈法兴的地盘（沈法兴丢失地盘后，投奔闻人遂安，为其所杀），继续和杜伏威作对。
之后，杜伏威为永绝后患，派王雄诞攻打李子通，两人在独松岭鏖战。王雄诞看出李色厉内荏，派人设计，多造旗鼓，夜间则虚设灯火，尽力制造数十万大军的假象。
可能是上次被夜袭留下了严重的心理阴影，李子通草木皆兵之下，居然自行烧了营帐，连夜全军撤退。王雄诞率军追击到杭州城下，李子通全军崩溃，穷蹙投降，被杜伏威献俘给李渊，就此被软禁在长安。
消灭李子通后，各地方势力如汪华、闻人遂安等纷纷投降，杜伏威完成了江淮的统一，尽有淮南江东之地。但杜伏威自此便开始了他的自闭生涯，坐看天下枭雄一个个被李唐政权消灭而无动于衷。
最终，武德五年，夏。李世民率部平定窦建德余部刘黑闼和徐元朗，而徐圆朗的地盘与杜伏威接壤，李世民借攻击徐圆朗之机，陈兵杜伏威境上耀武扬威。
杜伏威自然明白李世民的用意，心中十分不安，担心自己成为李唐下一个进攻目标。为免嫌疑，杜伏威索性上书李渊，请求入朝。李渊收到报告后自然高兴，批准杜伏威入朝。
于是，杜伏威这个麻瓜将苦心经营多年的江淮军交给义子王雄诞统领，自己带了着阚陵等少数亲信于当年七月到长安朝见李渊。从踏上朝见路途的那一刻起，杜伏威就是必死无疑的了。
他不明白，自他起义的那天起，就是在与命运相抗争，自他成名立业的那天起，他就是在与天命相抗争。如果只是和自己的命运相斗，投降尚有一条活路，但既然是与天斗，那自然就毫无退路，不进则死了！
先不说因为杜伏威夺了辅公佑的兵权，让两人的关系从此生隙，辅公佑在杜伏威走后，设计智擒王雄诞，扯旗造反，逼死杜伏威。
单单说杜伏威在看见投降李唐的群雄，如李密、王世充、萧铣、李轨、薛仁杲、窦建德等等诸侯先后伏诛，当明白李渊气度和自己下场的情况下，仍然决定将自己生死的权力交给他人，将自己苦心打拼多年的基业拱手送人，最后身死业毁，为天下笑者！
可见这杜伏威勇则勇矣，虽有大将之才，诸侯之力，然其人眼光太浅