之后两天，朱椿都待在府中，没有去宗人府，理由就是身体不适。当报到朱允炆这里时，朱允炆表示的极为关切，派总管太监刘振、太医等一干人等前往探望。蜀王闻报后非常感动，经过太医的悉心诊治后，发现蜀王没有什么大碍，只不过是最近太累了，身体有些虚弱，虽然如此，但刘振还是在蜀王府待了一个多时辰后才告辞离开。
刘振回宫后，向朱允炆禀告了一行的见闻，朱允炆微微点头，表示知道了。
选择蜀王来做这件事情，与其说是因为其“贤明”，不如说是蜀王运气好，在朱允炆需要一个人的时候，蜀王正好出现在他面前。而且朱允炆相信蜀王只要不傻，一定会按照自己给他定出的路走下去，但如果他要是冥顽不灵，那也怪不得别人了，幸好从目前的状况来看，一切都还在预料之中。
这些只不过是小事而已，迫在眉睫的事情是军事改制。
经过多年的规划部署，大明逐渐形成了卫所军和近卫军并存的局面，在朱允炆看来，近卫军是野战部队，其职责是对外征战和镇压国内大规模的叛乱；而卫所军则属于地方卫戍部队，职责是绥靖地方以及镇压小规模的土匪和叛乱等。
在朱允炆最初的设想中，是打算将卫所裁撤为县，散兵归农，但是在实际执行中，朱允炆却发现了卫所制还是有其优点的，比如在明初，卫所军的战斗力并不算弱，军官贪腐尚不算严重，最关键的是在开疆拓土的过程中，如平定朝鲜、开拓东北时，可以直接调集卫所军进行军屯，这大大降低了移民实边的成本，加快了边疆开发的速度，所以最终朱允炆决定卫所制保留，但近卫军也要建立，两者并行。
但是这对原有的五军都督府、兵部的指挥体制造成了挑战，近卫军规模过于庞大，满编的话人数可以达到十五万人，且装备精良，训练有素，他们都是职业兵，不需要屯田，理论上可以每日训练。朝廷的文臣对近卫军及其反感，一方面是近卫军耗资巨大，这些年增加的商税大部分都用来供养近卫军，而官员的俸禄还没有完全补齐；另一方面则是担心如此精锐的军队，如果没有作战任务，很容易引起了动乱。
对于武将来说，对近卫军的感觉则很复杂，一方面是近卫军非常精锐，打仗有把握；另一方面则是近卫军太受重视，其中的军长、旅长都是新晋升的年轻军官，都是皇帝精心挑选的，可以想见，他们将来必然是大明军界的新贵，那么其他的军官怎么办呢？那些都司、同知、佥事，甚至公侯伯爵呢？从朱允炆推出军衔制，并逐步提倡在军中以军衔、职位称呼时，大家也逐渐明白了皇帝的意思，那就是洪武朝的公侯伯领兵的时代要过去了，替代的是上将、中将、少将领兵。所以那些空有爵位，却没有军衔的二代勋爵，会逐渐淡出大明的朝堂，为了避免家道中落，高级军官们纷纷将自己的孩子送入武学，然后让他们加入近卫军，这样才能延续家族的荣华富贵。
对于这些怨言和担心，朱允炆是知道的，他也一直在思考如何解决这个问题，在王度在世的时候，两人曾经讨论过这件事情，王度的主张是裁撤部分近卫军，剩余的近卫军编入皇帝亲军，在他看来，这些近卫军是平燕乱、定朝鲜、开拓东北的临时编制，当天下安定的时候，就不需要了，应该散兵归农。
对于朱允炆担心卫所军战斗力下降，将来没有御敌之兵的想法，王度以为朱允炆想的太多了，在他看来，和平年代军队战斗力下降是必然的，是无法改变的，只要保持京军的精锐就可以了，他主张扩大亲军的规模，严格其选拔机制，派朝臣定期点检，这样应该不会出现太大的问题。
这件事情，是朱允炆和王度分歧最大的一次，一直到王度死之前，两人也没有达成共识。
所以在回京途中，朱允炆召集现有的几位老将回京，有武定侯郭英、西宁侯宋晟和江阴侯吴高，这些人都是朱允炆的铁杆拥泵，因为他们的儿子都是朱允炆的伴读，如今都是都司级别的军官，都是中将军衔，其中郭英之子郭钥任北平都司、吴高之子吴升任辽东都司、宋晟之子宋瑄任绥远都司，绥远都司其实就是以前的山西行都司，建文二年，根据朱允炆的诏令，山西行都司的驻地从大同转移到绥远，所以这三个人实际上控制了大明北疆的全部兵力，可谓位高权重，简在帝心。
建文元年正月十四，三位老将军抵达京师，朱允炆依次召见了他们，和他们阐述了自己的想法，三位老将军都非常支持，这让朱允炆龙颜大悦。
从十四日开始，朱允炆召开了御前军事会议，参会人员有武定侯郭英、西平侯宋晟、江阴侯吴高、长兴侯耿璇、兵部尚书齐泰、户部尚书郁新，刘璟、解缙、杨荣、杨士奇、王艮等军机处官员列席，负责记录和总结；另外五军都督府同知宣信、朱信以及航海侯张赫之子张荣也列席参加，他们是朱允炆特旨列席的，因为会议中要讨论水师独立成军，改名为海军的事宜......
会议讨论的非常激烈，每个人都有自己的小九九，互不相让。
对于文官来说，遏制武将势力的膨胀、维持王朝的长治久安是自宋朝以来士大夫们天然的梦想，所以他们极力支持朱允炆提出的监察使制度，但他们反对监察使由武将担任，主张由都察院派员担任，而且还要成为永制；同时他们还主