台湾的水军统领刘国轩真是顽固的反清复明分子，也是个好战分子。不过他始终是施琅的手下败将。他镇守澎湖，澎湖被施琅的水军攻克。他只得逃回台湾，施琅也把他追到台湾。
看来施琅攻克台湾也指日可待。
施琅又在行动。他在休息、补给两天后，率领250艘补给充足的战舰直抵鹿耳门。
听说施琅的舰队到达鹿耳门，台湾的郑氏集团慌作一团。他们感到自己末日的来临。因为鹿耳门是通往台湾的最后一道防线，鹿耳门要是被攻克，台湾的一切都暴露无遗，再无险可守。
施琅的舰队在鹿耳门港口前扎营，欲要跟刘国轩决战。但是，刘国轩这回十分谨慎，他知道施琅的厉害，坚守鹿耳门，只守不攻。因为郑可塽给他下了死命令，台湾就这点家底，再也输不起，应小心为妙。
这使施琅很着急。
第三天，恰逢海上又起了大风。这真是雪上加霜，局势变得更加恶劣，攻取台湾的事情受阻。
施琅等不了了，他和姚启圣商量：“我们得赶紧破敌，这样下去不行。我们必须在今明两天破敌！”
姚启圣也着急：“风这么大，看来几天之内停不了，这可怎么办？”他担心攻取台湾之事受阻。
施琅想了想，坚定地说：“照这样只能等鹿耳门涨潮了，但是这个时间太长了，还是得设法诱敌出战。”施琅真是能出高招。
姚启圣担忧：“刘国轩这会学乖了，诱他出战并不容易。”
施琅下了决心，牙一咬：“我去诱他出战！龟儿子，我的舰队假装进攻，不信他不出来！”
“但是，这里需要你指挥！”姚启圣担心地提醒施琅。
“我要是有不测，这里你负责指挥，刘国轩要是出来，你就开炮。记住，万一我们有什么事，你就带领舰队去截断他们的后路！”说完，施琅就出发了。
姚启圣从背后看着施琅，眼睛被泪水挡住了。他在心里默念，皇上啊，有施琅在，您就放心吧。
施琅的舰队临近滩头时，船果然搁浅了，动不了了。一看机会来了，刘国轩赶紧派兵来围攻施琅。守敌倾巢而出，于是双方互相开枪，海战变成了陆战。一时，双方都有人中弹。
在指挥船上注意敌人动向的姚启圣，看见敌人被引诱出来，就含泪下令向敌人开炮。
严密的炮弹切断了敌人的退路，刘国轩就命兵士们向施琅紧逼过来。他命兵士们开枪，抓住施琅：“施琅的船已经搁浅，现在不涨潮，他回不去了，抓住施琅。”
尽管施琅的人不断中弹倒下，不断减少，但施琅还是抱定顽强坚持的信念。他竟然坚持了一宿。到第二天早晨的时候，施琅的战舰上就剩下了三人。施琅面目全非，苦笑道：“看来，台湾岛可望不可即了。”
施琅面临很大的危险。
但是，天有不测风云，这时候施琅却听见远远地传来水声。他高兴得大喊起来：“潮水声，涨潮了！”多日不长的潮水，这时候竟奇迹般地涨高了！施琅的船舱里一片欢腾。他们赶紧启动开船！
海面上也开始起了大雾。攻取台湾的各种有利条件完全齐备了。
“真是天助我也！”暗自着急的姚启圣也一阵惊喜，赶忙下令接应施琅他们。
刘国轩无奈地看看天，他瘫软在岸边，无力地说：“天意啊，台湾完了，我们投降吧。”
鹿儿岛就这样被攻下，台湾已经无险可守，门户大开，郑可塽写投降书，遣派使者到施琅军前乞降。
施琅和姚启圣接到郑可塽的投降书，二人又联名上疏奏陈，祈求康熙皇帝的意见。开明的康熙皇帝允许接纳台湾的郑氏。
八月，施琅率领清军水师浩浩荡荡地开进台湾。台湾被完全收复了！
在施琅他们登上台湾岛的时候，郑可塽率领他的部署，全都剃发改装，跪迎在岸边，并交出了明延平君王的金印。自此，台湾完全平定。
看到捷报的康熙皇帝高兴极了，他从心里感谢施琅，使得康熙皇帝完成了国家统一的夙愿。高兴了的康熙皇帝甚至把那天自己穿的衣服脱下来，派人疾驰送给施琅。
皇帝能赐予自己穿的衣服，这是极大的荣誉。
康熙皇帝还乘兴写诗，盛赞施琅智勇双全，建立奇功，抒发自己激动的心情。后来，康熙皇帝又授予施琅靖海将军，封为靖海侯，世袭永不废弃。
但是施琅请求也像内大臣那样赐予花翎。但是，大臣们犹豫不决，因为没有这样的先例：汉人是不能这样的。但是康熙皇帝命令不要拒绝，按照施琅的要求赐予花翎。
如何处置台湾？朝廷中又展开了一场争论。
索额图等一些目光短浅的大臣认为：
“台湾孤悬海外，艿蛮荒之地，要它何用？只要把岛上的人全部内迁，那个没用的小岛就放弃算了。“
康熙皇帝为了征求施琅和沿海督抚的意见，特地派侍郎苏拜到了福建。
施琅给康熙皇帝上疏，坚持认为应派兵驻守台湾，否则会成为郑芝龙时候那样，成为反对朝廷的基地，或者向荷兰人时候那样，成为祸害大陆的前沿。台湾虽是海外孤岛，却是关系沿海四省要害，决不可放弃。
接着，施琅说出自己的意见：应裁撤多余的官员，台湾和澎湖都设一些官员，并且停征台湾三年的赋税。
为了说明自己意见的正确，施琅还附上台湾与沿海四省关系图，附于奏折之中，请康熙皇