上清大捷，可以说是暂时稳定了陕北局势，但整个大明朝的三边之地却已逐渐糜烂。
16世纪末期到17世纪初期，大明北境气候异常，年年干旱，直接导致了农业的欠收，加之土地兼并与政治的**，百姓生不如死。
在举目无望之计，起义就成为了唯一的选择，其中王二在白水首举义旗，之后陕西许多地方的饥民也闻风而动。
光崇祯元年的大贼就有府谷县的王嘉胤，安塞人高迎祥，清涧县人王左挂，汉南人王大梁等，尽管农民军声势浩大，但却引不起朝延的足够重视，此时的大明朝，在新皇崇祯的带领下仍是以处理阉党余孽为中心工作。
虽然权奸宦官魏忠贤早在天启七年年底就被绳之以法，其羽翼“五虎”，“五彪”等也全部获罪死刑，可那些曾生活在阉党恐怖统治之下的文人士大夫们显然是不太满意的，他们必须要将阉党连根拔起，永绝后患。而为了巩固自己的统治，崇祯帝也不能不认真彻底地扫除魏忠贤在宫廷内外的各种残余势力，何况他自己对于审理案件又有一股特殊的兴趣。因此在崇祯元年，清查阉党就成了朝廷中引人注目的一件大事。
首先倒霉的是一些无关紧要的皮皮虾，如公然宣称魏忠贤功德不在孔子以下的监生陆万龄，上疏攻击张皇后的刘志选、梁梦环，等等，都被人纠弹而逮捕入狱，之后的大老虎包括兵部尚书霍维华、御史杨维垣、司礼监秉笔巾帽局掌印太监李永贞一干人等也相继倒台。
自崇祯元年中期起，一些御史们已经开始提出，要对魏忠贤和他的亲信党羽进行一次统一的定案处理，本着不放过一个阉党的原则，把他们全体集中在一个大案中，就叫作“逆案”，意思是说魏忠贤一伙欺君误国，甚至有大逆谋反的打算。
“逆案”是在崇祯二年三月十九日正式确定的，案**开列魏忠贤等225人，分为8大类，涉及文武官员包括外任大臣、一品大员、高爵显者，涉及之广，影响之大，处理之重，在明代是极为少见的。
阉党“逆案”之后算是告以段落了一段时间，可这一切并不意味着结束，此案造成的绵绵不断的政治纠纷与动乱，还会给下一轮政治斗争中的野心家们提供无限的契机。在另一个时空中，它还延续到了南明的小朝廷中，翻来覆去，总是笼罩着明廷政坛。
就在明朝的政治家还在明争暗斗之时，危机正在步步逼近。
早在崇祯元年七月，陕西巡按御史李应期就曾上言道：“全陕地多硗确，民鲜经营。慨自边疆多事，征兵征响，闾阎十室九空。更遇连凶荒，灾以继灾……灾民数百成群，拥道告赈。……白昼摽掠，弱血强食。盖饥迫无聊，铤而走险。与其忍饿待毙，不若抢苟活之为愈也。”
李应期奏疏中请求蠲税和赈济，希望朝延拿出点残根剩饭施舍给农民和边军，使他们能够苟活下去，可此时的大明朝不仅边患内忧不断，财政上也是入不敷出，不可能在这一点上做出让步，于是，饥寒交迫的军、民只有自寻出路，越来越多的涌进起义的行列。
自从王嘉胤被陈渊、洪承畴击败后，便带着余部逃到陕南地区，一路上夹民带兵，很快队伍又至万人，至崇祯二年，他在庆阳黄龙山一带形成了不小的势力，手下有王自用，不沾泥等大将。
崇祯二年四月，阶州士兵周大旺也率众起义，虽不久被明副总兵贺虎臣部镇压下去，但却在边军之中造成了不小的影响，大明三边之地兵马开始蠢蠢欲动起来。
同年十月，一件大事震动了京城内外，满洲贵族军队大举内犯，从河北遵化，蓟县地区破边墙而入，攻陷遵化、玉田、三河、香河、顺义等县，兵锋直抵北京城下。明遵化巡抚王元雅自杀，入援的山海关总兵赵率教阵亡。为了挽救危局，朝廷下令各地督抚火急勤王。山西总兵张鸿功遵照兵部的檄调，带领晋兵五千人入援，山西巡抚耿如杞也自告奋勇，领着抚标营和太原营三千多名官兵赶赴畿辅勤王。陕西三边总督杨鹤和陕西巡抚刘广生、甘肃巡抚梅之焕、延绥巡抚张梦鲸，也应诏抽调各镇精兵一万七千多人，由沿边五大镇总兵吴自勉、尤世禄、王承恩、杨嘉谟率领，入卫京师。此外，奉檄入援的，还有河南巡抚范景文、江西巡抚魏照乘、郧阳抚治梁应泽等人统率的官军。
从各地而来的勤王兵人数众多，却对八旗铁骑都不敢应战，于抵击女真无益，且对地方后勤压力巨大，钱粮没能及时到位，指挥混乱，遭成陕西三边军队在勤王途中也一再发生哗变。
山西总兵张鸿功的军队到达畿辅地区以后，兵部传令驻守通州，第二天调守昌平，第三天又调守良乡。按照规定，军队到达讯地的当天不准开粮。山西兵来来去去调了三个地方，三天没有口粮，士兵极为愤慨，就自己在驻地附近抢掠粮食。朝廷又以耿如杞、张鸿功未能约束军队，下令逮捕。这五千名精锐士卒，眼见巡抚和总兵下狱问罪，就一哄而散，逃回山西。
延绥镇兵由于总兵吴自勉克扣行粮，勒索不愿入卫的军士交纳贿银和盗卖军马，引起士兵的强烈不满，许多人开小差不辞而别。延绥巡抚张梦鲸因此忧愤而死。
勤王兵的哗变，不仅打乱了明廷的军事部署，牵扯了地方官的精力，而且参加兵变的士卒不敢归伍，其中不少人漂泊无着，连群结伙地投入农民起义。这样，就使相当