后沈一贯的党羽钱梦皋等人受到包庇，未遭处分，而杨时乔反被严旨斥责。不过，东林党人和其他一些朝臣一再奏劾沈一贯遍置私人、欺上瞒下，沈一贯也被迫谢病不出，于次年退休。
万历三十九年京察时，东林党人、大学士叶向高主持朝政，这一次，齐、楚、浙、宣、昆等党一些人物被罢了官。但在南京则出现了另一种局面。原来明朝明成祖在永乐十九年从南京迁都北京以后，仍在南京保留了一套中央官署。
这次在南京主持京察的，是齐、楚、浙党方面的官员，他们排斥了所有支持东林党领袖李三才的东林党一派的人。
万历四十五年京察时，方从哲秉政，齐、楚、浙等党多居要职，于是又排斥了东林党人。
万历一朝，东林党人大部分时间不掌握朝政，所以在京察中基本上处于不利的地位。
东林党人在支持熹宗继位后，才受到重用。
熹宗天启三年，当时东林党人叶向高是首辅，**星则以左都御史身分参与主持京察，他痛斥齐党亓诗教、楚党官应震等人，坚决罢了他们的官。
崇祯也是一个头两个大，有些无从下手，毕竟还是要用可用之人，用可利用之人。
在重生后的崇祯眼里，无论是东林党人，还是齐、楚、浙、宣、昆等党人，又或者是阉党没有一个是好东西，崇祯想的只是如何平衡他们之间的关系，如何巧妙的借力打力。