贞观五到六年间，他动议修订《氏族志》。
前后好几年，初稿出来，以皇帝之尊，竟然门第没有黄门侍郎崔干高，不由大为光火。
传统士族力量如此强大，社会门阀观念如此顽固，使得他不得不考虑再次利用宗教来做做文章。
由于南北朝以来的“夷夏之辩”仍为唐初社会流行思潮，李唐皇族为了洗清“胡族”之嫌，就必须通过尊崇本土道教来证明自己在文化上属于华夏本支，而“殊俗之典”、“异方之教”的佛教正好成为打击的靶子。
贞观十一年，他开始对佛教采取公开抑制政策。
二月，下《道士女冠在僧尼之上诏》，重申老子是皇族远祖，从治理国家的角度强调道教的重要，并大肆渲染了佛教的流弊。
佛教徒们立即作出强烈反应，聚众请愿，“时京邑僧众，咸诣阔庭上表”，带头人包括法琳、智实、法常、慧净等。
法琳这次学精了，知道皇室认老子做祖宗是认定了，于是上表说：“今之道士并是黄巾之余，本非老君之裔，妄托老君之后，实是左道之苗。”
试图把道教与老子割裂开来，使李世民只尊老子不祟道教。
李世民当然不吃这一套，遣中书侍郎岑文本宣谕说：“语诸僧等，明诏既下，如也不伏，国有严科”。
高压之下，法琳等人只好“饮气吞声”，而智实拒不奉诏，慨然道：“吾固知势不可为，所以争者，欲后世知大唐有僧耳！”
出头椽子先烂掉。
智实遭杖责流放，次年病卒。
此情此景，一众道士看在眼里，喜在心头，益发受到鼓舞。
贞观十三年九月，道士们再次发难，矛头直指缠斗了数十年的佛教领袖法琳。
道士秦世英向朝廷告密，翻出武德年间老账，说法琳《辩正论》诽谤皇室始祖。
李世民新帐老帐一起算，立即逮捕法琳加以推问。
十月二十七日，刑部尚书刘德威、礼部侍郎令狐德棻、侍御史韦淙、司空毛明素等进行审问，法琳辞气不屈。于是皇帝亲自出场，与法琳来回问答二百余条。
情急之下，老和尚口不择言，说皇室出自代北李，即阴山贵种鲜卑族达达这一系，译为唐言，即为李氏；而李耳属于陇西李。
并说李耳其父名韩虔，字元卑也就是天字第一号卑践货的意思，是个独眼、跋足、无耳的乞丐，终生娶不起妻，七十二岁时与邻里老婢私通，在李子树下生出李耳，始以李氏为姓。
法琳说皇室“弃代北而认陇西”，是“以金易愉石，以绢易褛褐”。
这些话句句戳到李世民痛处，于是勃然大怒，宣布处死，但缓期七天，让法琳念观音菩萨，看到时候能不能保佑他脑袋不掉。
七天后李世民遣人复审，法琳终于服软，拍马屁说：“七日以来，未念观音，惟念陛下”，陛下“子育恒品”，就是当今观音。
又捏准了李世民好名的软肋，说“陛下若顺忠顺正，琳则不损一毛；陛下若刑滥无辜，琳唯有伏尸之”。
李世民拿他没办法，再问他佛、道优劣，这次法琳回答称旨，于是顺坡下驴，免死流往益州为僧。
法琳委屈不已，路上作《悼屈原篇》，在赴益州途中病故于百宇关菩提寺。
法琳一死，佛教势力大挫，不得不接受了道先佛后的新秩序。
沙门的看门犬法琳去见光头祖了，李世民没有停下脚步。
然而随着年岁渐长，亲朋故旧日渐凋零，尤其李渊去世、第二年长孙氏辞世后，李世民环顾四周。
虽然功业赫赫，但慈母早逝，两个同胞兄弟和十个侄儿死在自己手中，老父被逼退位后至死满怀戒心，不复当年融洽，人到中年又丧佳偶，爱女早夭，两个儿子钩心斗角，心情自非一般人所能体会。
道教虽然能教人长生不老和房中术，但对心灵的安慰还是佛教更加拿手。可以说，此时这位李世民难免会有一些佛家的情绪。
大约在贞观十五年前后，李世民梦见几年前去世的近臣、文学和书法好友虞世南，心头怅惘，颁下《为故礼部尚书虞世南斋僧诏》，很能说明他此时的心境。
“故礼部尚书文懿公虞世南，德行纯备，文为辞宗...申朕思旧之情。可即其家，斋五百僧，造佛像一躯。”
在梦见虞世南前后，李世民亲临弘福寺为已去世五年的长孙氏追福。
宏福寺乃是为其母亲穆太后所造，于是召唤几位高僧一起闲谈，“言及太后，悲不自胜，掩泪吞声。久而言曰:‘朕以早丧慈亲，无由反哺。风树之痛，有切于怀。庶凭景福，上资宾佑。朕比以老子居左，师等不有怨乎?’”
主持道意回答说:“僧等比者安心行道，何敢忘焉。”语气七分软又带三分硬。
于是李世民几乎乞求谅解一般说：“佛道大小，朕以久知；释李尊卑，通人自鉴。岂以一时在上，既为胜也。朕以宗承柱下，且将老子居先。植福归心，投诚自别。比来檀舍，佥向释门，凡所葺修，俱为佛寺，诸法师等，知朕意焉。”
这样一番自我辩解的话出自当年天不怕地不怕的太宗之口，恐怕也是他意识到自己尽管身为帝王，却仍然不过是个凡人，生老病死皆不在自己掌控之中，因此不得不试图向佛祖示好，以期增老父慈母和爱妻在幽冥之中的福分吧。
李世民心中有了这样的心理铺垫，