两处险要既失，则武昌城有如瓮中之鳖——倘若不是背靠长江，舟师尚能策应，估计不用打便自破了。但王敦亦非无能之将，便仗着舟师援护之力，坚守城池，陆衍竟然百计难克。
不久后，甄随击破应詹，遣归蛮兵，亦向武昌而来，得讯大怒，说：“陆衍好不济事，这般坐守之寇，竟然都拿不下吗？”即命士卒砍木做筏，堆满柴草，点燃了一大片一大片地往武昌附近江面上漂去，然而王敦严加戒备，亦使火筏不能建功。中游的战事，就此陷入胶着状态。
然而此时，陶侃已率船队逼近了建康，沈充拼死来拒，但船数既寡，又当下游，根本就抵挡不住。最终他被迫乘坐小船，东逃到丹徒上岸，随即领着数十家兵，逃回老家吴兴去了。
剩下邓岳独木难支，被陶侃水师封锁江面，先破白鹭洲，复压缩于石头城内。随即水师便一船一船地，把江北华军陆续送抵了南岸。
消息传来，庾亮还欲奉司马睿南逃吴兴，往依沈充，但司马睿却说：“大势已去，何必再让孤受此颠簸奔蹿之苦，江湖亡命之累呢？且沈士居岂是可信之人？！”正好华朝的劝降使节也到了，正是那位当年从建康狼狈逃蹿出去的刘隗刘大连，他拍着胸脯保证，绝不会伤害司马睿一家，司马睿乃道：“大连我故吏也，绝不肯欺我。”就此肉袒自缚，领着王导、周顗等人出降了。
庾亮本不愿相从，还打算孤身落跑，刘隗派人去安慰他，说：“元规昔日宽纵之德，令弟稚恭已明告于我，则我必有报元规，不使罹罪——然元规若走，吾无能为力矣。”庾亮这才跟随在司马睿、王导身后，同往华营而去。
陶侃弃舟登岸，旋即出迎，亲解司马睿之缚，说：“微大王，臣无今日；且大王虽然拒江抗命，实为宵小所挟，非本意也。”司马睿流涕道：“吾实感念陶公厚恩……”
他也明白，倘若华军主将不是陶侃，而是那票北人——尤其是出身低微，从前不识其名，跟着裴该才得荣显的北方将领——多半一登岸就会直接杀入建康城，而不会先派刘大连来劝降了。
陶侃言及“宵小”之时，王导、庾亮等皆不敢抬头，且面有愧色。随即陶侃左右望望，问：“吴兴王（司马充）既在，何不见太妃啊？”不等司马睿回答，他急忙又道：“也是，吾当亲往拜谒太妃。”
临行前商议如何处置江南诸人，裴该的意思很明确：“南人任卿所为，北人皆当送归洛阳，由朕处置。”他不打算多所屠戮，尤其王导等人勉强也算可以受任郡县的人才了，杀之可惜；则侨客只要全都押归中原，而又不许归籍，别择地方安置，就等于掘了他们的根啦，还能够再形成一大势力，从而影响到国计民生吗？
从此天下，唯有太原王，而再无琅琊王也。
至于南人，主要指的是江南豪族，那根儿就不怎么好掘了，只能先阻止他们夺占侨客北归之后空出来的土地，再设谋徐徐削弱之。倘若过于苛待南人，恐怕会引发江南地区的局面长期不得稳定，甚至于南北之间的仇恨——你光顾着老百姓没用啊，老百姓太容易被地方豪族所裹挟了。
然而陶士行本身就是南人，则他不管是出于公心也好，为报私仇也罢，想要挑一些豪族出来显戮以立威，裴该是乐见其事的。
此外，裴该特意关照陶侃，说：“绝不可伤及朕姑母，当奉其还洛，与朕相会。”
所以陶侃在受降之后，领兵进入建康城，就第一时间跑去吴兴王府别院，拜谒太妃裴氏。裴氏命裴仁出来挡驾，说：“晋已亡，则吾唯一老妇而已，岂能克当陶公之拜啊？”陶侃请裴仁转述其言，说：“夫人为天子姑母，天子无日不思念夫人，乃至垂泣，于其孝心，臣等亦感同身受。天子有命，请夫人过江，赴洛相会，夫人勿辞。”
裴氏回复道：“我司马家妇人，不应再归父族。”
陶侃则说：“今司马家人，皆当入槛而押赴洛阳，司马冲亦不能外。夫人若归父族，臣当备华车，恭送夫人祖孙，归与天子相见；若仍自居司马家妇人，则请交出司马冲来。”他不敢说你也应该以俘虏和罪人家眷的身份北归，只是一口咬定了司马冲。
裴氏至此，才终于不再矫情了，于是召陶侃入见，随便对答几句，并且希望陶侃于路善待司马睿等人。陶侃应诺后，便即备下车乘，派刘隗、刘遐押送建康诸人北上。
当然啦，他没把司马睿乃至王导、庾亮等人全都塞进槛车里去，只是各家子弟、眷属，乃至奴婢，好几千人一并启程上道，难免哭号洒泪，听着也挺让人鼻子发酸的。司马睿在车中哭道：“是吾不德，乃至僚属如此，吾岂能再安居车中啊？”执意要出来，跟旁人一起步行，却被刘遐质问他：“阁下不愿坐车中，乃欲寻机逃亡么？”司马睿这才不敢再多事了。
事先陶侃便请司马睿写下敕书，命邓岳、王敦等人放下武器。邓伯山得敕后，放声大哭，但也只得打开石头城，率部出降。再数日，敕书入于武昌，王处仲仰药自尽，钱凤、何充等降于甄随。
甄随接受了何充的投降，同样将其并家眷等一起押送洛阳，但根据陶侃的命令，当即将钱凤于军前处斩——因为据说，王敦之所以抗拒王师，就全都是这个钱凤挑唆的。当然啦，王敦自有主意