"哭庙案"事起于苏州吴县新任县令任维初，顺治十七年，一面以严刑催交赋税，杖毙一人，一面大举盗卖官米，中饱私囊。吴中百姓不堪其苦。以金圣叹为首的几个秀才，因同情农民的遭遇，写了"揭帖"到哭灵场所控告县官，金圣叹将矛头指向包庇部下的巡抚朱国治，《哭庙文》写道:"顺治十八年二月初四，江南生员为吴充任维初，胆大包天，欺世灭祖，公然破千百年来之规矩，置圣朝仁政于不顾，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。罪行发指，民情沸腾。读书之人，食国家之廪气，当以四维八德为仪范。不料竟出衣冠qín_shòu，如任维初之辈，生员愧色，宗师无光，遂往文庙以哭之……"。
朱国治大为震怒，当场逮捕了倪用宾等五名秀才。后来被逮捕的十一名主犯中，有倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐介、叶琪等人，其中并没有金圣叹。四月二十七日，金圣叹、丁子伟二人才被逮捕，金圣叹高呼先帝，被掌二十巴掌。朱国治将哭庙文的起草人金圣叹作为首犯拘捕，冠以"摇动人心倡乱，殊于国法"之罪，最后倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、束献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、唐尧治、冯郅等十八人被判死罪，七月十三日立秋，在南京三山街执刑。
《辛丑纪闻》记载:"至辰刻，狱卒于狱中取出罪人，反接，背插招旌，口塞栗木，挟走如飞。亲人观者稍近，则披甲者枪柄刀背乱打。俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死。披甲者乱驰，群官皆散。法场之上，惟血腥触鼻，身首异处而已。"《哭庙纪略》记载，沈大章由其叔收尸，倪用宾、薛尔张、周江三人由顾予咸收葬;其余十四人则由亲人收葬。
清入关后，在江南地区实行了比明代更为严厉的催科。经征之官皆以十分为考成，不足额者要被参罚。但江南缙绅豪强依然凭借昔日的权势交通官府，贿买书吏，隐混和拖欠钱粮，致使积逋常达数十万。而在政治上他们也还未完全忘怀朱明王朝。清政府为了裁抑缙绅特权和压服江南地主，便借口抗粮，制造了奏销案。此案初只限于无锡、嘉定两县，至十八年夏乃通行于四府一县。根据江宁巡抚朱国治的造册上报，清廷将欠粮者，不问是否大僚，亦不分欠数多寡，在籍绅衿按名黜革，秀才、举人、进士，凡钱粮未完者，皆被革去功名出身;现任官概行降两级调用，计共黜降一万多人。其中不少人被逮捕，械送刑部议处。某探花叶方霭欠一钱，亦被黜，故民间有探花不值一文钱之说。吴伟业、徐乾学、徐元文、韩炎、汪琬等江南缙绅著名人物几乎全部罗织在内。继之，又乘大创之后十年并征，使江南缙绅豪强受到沉重打击。直至三藩叛乱时，为了争取江南地主的支持，清廷才放松禁令，允许在奏销案中被黜降的官绅士子分别纳银开复。以后清廷讳言此事，官书绝不记载。
清顺治十八年七月十三日庚申，金坛县判定"通海"的罪犯有冯征元、王明试、冯征元、李铭常等人，后与吴县"哭庙案"，大乘、园果"诸教案"等囚犯，在江宁执行死刑。
臬司姚延著犯有"疏纵"之罪，被判处绞刑，众以为冤。团保樊耀之的儿子樊达生代父就死，临刑之前父子二人环抱痛哭，最后由其子代死，另一团保史旭亦由其弟史八代兄就死，史八临刑前不改其色。
康熙元年，魏阱、钱缵曾、潘廷聪、祁班孙等因"通海"罪被捕，祁班孙遣戍宁古塔，其兄祁理孙抑郁而死。陈三岛在事发前忧愤死。富绅于元凯被孝庄皇太后赦免后，不知去向。计六奇《明季南略》载:"金坛因海寇一案，屠戮灭门，流徙遣戍，不止千余人。"
“我担心，催科旨意一到，人心便又向明了。若是从前倒还罢了，现在若江南生事，这天下只怕又要多难了。”
“人心还是向着大清的，他们不糊涂。”
“人心算个什么东西，在利益面前有人心吗？他们若懂人心，这明朝就不会亡了。”