查克拉实验区，占地面积100平方米，位于整个实验基地的东北方向，主要对风，火，水，雷，土，阴，阳七种查克拉属性的性质变化和属性融合做为研究方向，解析查克拉的本质，现经过最新开发忍术纳米意识二十四小时不间断研究，已经有了很大一部分成果。
武器实验区，占地面积250平方米，位于实验基地西南方向，对前世记忆中各种超规格武器，概念性武器进行主要研究，现已开发出数种足以实战的研究成果，其中生物实验区大部分毁灭性武器都由武器实验区所研发而出。
材料实验区，占地面积最小，只有不到20平米，通过纳米虫吞噬物体之后可以获得该物体一切信息的能力，研发各种复合型材料，其中大部分应用于武器实验区。
实验室内外皆由一层淡银色金属铺盖，这是由材料实验区偶然实验得到的一种特殊金属，它不仅可以阻隔查克拉感知，还有一种特殊的吸音能力，将其进行对基地全面铺盖以后，进一步降低了实验基地被暴露风险。