然而，南人党的权势并没有一直持续下去。
明朝方面，由于朝中主和派的兵部尚书石星再次上台，加上李如松没有得到后续援军，因此无法进一步打击日军；朝鲜方面，由于南人党骨干成员金诚一的殉国以及北人党和西人党的势力重新集结，主张稳健政策的柳成龙等官员也不希望战事扩大。既然双方都不想打，那么就有了和谈的可能。
之后日军全部撤离汉城，除全罗和庆尚二道部分沿海地区外，其余各地全部被收复。
此时新一轮的党争又开始了，首先是西人党卷土重来，通过他们的多番活跃，令宣祖有了重新起用西人党要员的想法，比如郑澈就出乎意料地回到了朝廷。
宣祖决定派郑澈作为谢恩使出使明朝，而西人党正要抓住这个机会拉拢一下明朝。可是，面对西人党的态势，南人党是不会坐视不理的。当郑澈回国后，柳成龙等人就先后弹劾郑澈。迫于压力，郑澈只好辞职，寓居江华岛的松亭村，不久就去世了。
随着文禄之役的结束，朝鲜进入了短暂的和平时期。而朝廷的政局在被南人党掌控之后，也逐渐平稳。
认为大局已定的宣祖为了犒赏众臣，提拔了大批的官员。在北人党的多方努力下，北人党首领李山海重返朝廷，出任领敦宁府事兼大提学。
为了能把南人党给打倒，北人党试图抓住南人党的根基予以沉重打击。在明军主力撤出朝鲜后，支撑南人党的主要军事力量就是屡立战功的李舜臣领导的朝鲜水军了。因此，要除掉柳成龙，首先就要先把李舜臣给除掉。
不过，李舜臣毕竟是有过极高战功的功臣。当时朝鲜陆军大溃退，只有李舜臣的水军始终没让日军占到丝毫便宜，并多次阻击了日军的后方运输线。
为了能够成功打倒李舜臣，北人党拉拢了名将元均。元均与李舜臣之间，曾为了战功产生过巨大的分歧，北人党利用了这两人的私人矛盾来削弱南人党的力量。在北人党的支持下，元均上疏诬陷李舜臣在战时与日军有过勾结。
恰巧在这时，行长也闻听朝鲜内部对舜臣有所非议，于是在秀吉的授意下，派亲信窜到庆尚道右兵使金应瑞大营，称议和迟迟未定皆因清正从中作梗，并诈称清正即将出海，请水军在海上偷袭清正。
应瑞不敢耽搁，将情况上报，行长与清正不和，朝鲜人都知道，因此李昖便催促舜臣出兵，而舜臣却怀疑敌人使诈，徘徊数日，迟迟不肯出海。
这时，行长又派人送信，称清正已登岸，朝鲜却不出水军拦截，将罪责全都算到舜臣头上。
虽说李昖不相信李舜臣通敌，但由于李山海控制了言路，使得形势对李舜臣非常不利。
而就在这个时候，柳成龙考虑到大局初定，不想与北人党产生大规模冲突，因此弃车保帅，没有积极阻止北人党弹劾李舜臣。李舜臣也就被灌上了“莫须有”的罪名，遭到义禁府捉拿，而元均则成为了新的三道水军节制使。
就这样，延续百年的朝鲜党争终于将一代名将打造成了“韩版岳飞”，至于李舜臣会不会重演碧波亭的悲剧，后文自会见分晓。