周琅的改革一直都没有停止过，哪怕战争期间，各种改革措施，只要准备好了，就会施行，他是开国之君，大刀阔斧的改革，阻力最小，这些改革如果是积弊很深的时候，谁都动不了了。
比如明朝的崇祯很难改革，可满清入关就很容易改革。
最早的改革，诸如税制等等，早在周琅一统天下之前就开始了。甚至包括打造官办工业体系等等，都可以算入改革的内容中。
这最初的改革，其实更像是创设，因为周琅是在传统领域空白或者薄弱的地方下手，而且是先在皇帝的权力范围内动手，改革的阻力很小，反对派也没有理由反对，就好像沙皇改革农奴制，解放了国家农奴和宫廷农奴这些他直接控制的农奴，问题不大，可要碰地主们手里的农奴，那就会引起强烈的反对，说白了，不管是理念之争，还是意气之争，最后都会落到利益之争这个实地中来。
建立各种官办作坊，按照满清的制度，那归内务府管，北京的各大皇家作坊就是这样，地方上的江宁织造等等，地方官也管不上，那么周琅以内务府的名义，建立这些作坊，王辅茞完全没有理由干涉。
后来税制改革，也是在商税领域进行，恰好过去的商税，也大多都被乾隆拿在手里，比如最重要的海关。官府虽然也管商税，可税率很低，大多数商税其实多事地方官的小金库，各路关卡则是军方的利益。
在这种情况下，周琅大刀阔斧的废除了守军吃拿卡要的渠道，裁撤了大批关卡，或者取消这些关卡拦截商队的权力，没有拦截的权力，也就没有了收取好处的机会。
另外很多商税收取十分混乱，户部可以收一部分，工部也可以收一部分，漕运衙门，水道衙门都可以收一部分，这些全部取消或者归并到内务府中。
税制改革就这样完成了，主要是新制度的创设，对旧制度的冲击很小。加上当时还有一个一统天下的共同目标，文官集团并没有开始反对。
接下来周琅开始从冷衙门工部开始改革，选择的切入点也是正确的，这是一个最不强势的传统部门，影响力最小。于是周琅请来了法国人，建立了科学院，开办了第一所大学，培养了各种人才。
法国人是1803年来到中国的，到1805年的时候，周琅就开始着手进行工部改革，此时的阻力开始出现。
只是一个冷衙门，竟然引起了巨大的官场动荡。
周琅是以工业部、水利部的架构来规划工部的，先是把漕运、水道这些管理中国水利设施的衙门归并如工部，原因是这些衙门的收税权力被取消了，基本上成为技术性衙门，交给工部统一管理，有助于更高效的利用稀缺的工程人操。
漕运、水道衙门并入了工部的都水清吏司，改都水清吏司中的制造诏册、官书等权力，改称都水司。负责全国的水利设施施工、维护等职能。还负责港口码头的设计和监造等职责。
虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱。周琅废除其中的掌制造、收发各种官用器物、铸钱等权力，但依然保留其规范度量衡的职能，甚至不止是公平买卖的衡器（秤等），而是按照法国科学院的模式，建立一整套更为精确的度量衡标准。引入“米、立方米、克”等基础单位，对传统单位进行规范。
这种规范是有重要的现代意义的，因为古代的标准实在是太混乱了。政府管理不严，民间出于各种目的，制作各种不一样的衡器，商人使用的秤就有大秤，小秤之分，去收购农民的农产品，普通二十二两的货物，用这种秤只能称十六两，也就是一斤。各地官府自己制作的标准衡器的差别都很大，周琅测量过各种二两一个的标准衡器，有的是重72.30克，有的重73.55克，三两的有的重110.00克，有的重109.00克，有的重110.83克，有的重110.94克。总之误差很大，不知道是技术原因还是别的什么原因。总之重量标准的制定本身就没有标准。
西方的单位制，就相对规范了，法国人做的又是最好的，1790年5月由法国科学家组成的特别委员会，建议以通过巴黎的地球子午线全长的四千万分之一作为长度单位1米。比如重量，规定1立方分米的纯水在4c时的质量为1000克。这些在数学意义上，都比中国传统的衡器制作要精确很多。
现在官府规定一两等于37.3克，将误差缩小到了克。规定1尺等于三分之一米；1丈等于3米。除了规范传统的尺寸等度量衡，还引入了一些没有的单位，比如温度等。
这些工作都归虞衡司管理。但虞衡司的只能不止这么一点，而是大大加大了。他还负责为各行各业编制标准规范，用机器织布使用什么流程最便捷，手工织布应该怎么操作；制定质量品级体系，一尺布中有几个丝头是下品，有几个丝头是中品，上品是否能做到没有丝头等等制定各种标准的工作都归他管。
营缮清吏司，改称营缮司，全国的公共工程的施工都归他管，包括宫殿、港口、运河等等，但他只负责组织施工建设，运营、维护和监造都不归他管。
屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。改称屯田司，不但负责官府的屯田管理，最重要的工作，则是对全国农业生产技术进行研究。对全国土地资源进行普查，什么样的气候，土壤，适合什么样的农作物。不能让以前的地方官凭