有了这些实打实的罪名，再加上皇帝已经不在保护马明远，接下来就很简单，除了皇帝下旨将马明远正式定为钦犯以外，还有就是朝中上下掀起了倒马浪潮。
从三月初开始到九月份，半年的时间中抓获马明远的党羽三千多人，当然这里面有马明远的家人、部属、同学、好友、同年等等，还有一些跟马家有一点联系的人家也被当成钦犯抓了起来。
其中最为典型的是一个北京城郊的菜农，大概这个菜农这一辈子都没想到自己还能和马明远这种高官有联系，但是因为这个菜农给马家送了半年的蔬菜，就被当成马党抓了起来，判了个斩监候，其他林林总总共有一千多无辜路人被抓。
九月末朝廷圣旨下来，马明远有功劳被赐死，算是皇帝给了一点面子，其他马明远的独子马绍骏、成年孙子三人、未成年孙子二人都被处死，马明远的女儿因为身份贵重，毕竟是皇后马小芳的亲侄女，朱宏三将马明远的女儿都赐死，其他女眷发卖教坊司。
其他马明远的党羽多被处死，家属不是充军就是流放，这其中马明远的头号党羽陈子龙下场最好，大概朱宏三想到当年和陈子龙的情谊，只是将陈子龙削官为民，回到原籍由地方官监视居住。
马明远接到赐死的圣旨后长叹一声，对来传旨的小太监说道：“这位公公，老夫临死前还有一个愿望，我想见见佟养甲可好？”
这种大事小太监那敢定，赶紧回到宫里禀告朱宏三。
朱宏三听到也很纳闷，马明远和佟养甲斗了一生最后为什么想要见他？不过朱宏三也想知道为什么，所以命佟养甲去见见马明远。
佟养甲接到圣旨也很纳闷，他也不知道马明远为什么要见自己，难道临死前想要在羞辱自己一下？佟养甲原本不想去的，但是皇帝的圣旨下来他也没办法，只好跟着传旨的太监来到锦衣卫的诏狱。
见到马明远佟养甲也下了一跳，锦衣卫为了逼供谁是同党对马明远使用了酷刑。马明远的十指指甲已经拔掉，身上被上了刷洗没有一片好肉。佟养甲虽然知道锦衣卫对马明远用刑，但是看到马明远这个惨样心中还是有触动的。
佟养甲有手帕捂着鼻子问道：“马明远，你都要死了为何要见老夫？”
马明远惨笑一声，漏出被拔掉牙齿的牙床，说道：“佟养甲，你我斗了一辈子，现在你看到老夫这样是不是很解气？”
“嘿嘿，这是当然，想当年你构建罪名pò hài老夫，当时你可想到现在吗？”
马明远叹了口气说道：“佟养甲，你我虽然不对付，但都是文人意气之争！现在你赢了老夫也没什么好说了，但是人之将死其言也善，你可否听老夫说一句话？”
现在马明远的党羽被扫除一空，朝中在无人为马明远说话，佟养甲感觉自己也不会中了马明远什么计策，听听也没什么。
“好，看在老夫和你共事二十多年的面子上，你说吧！”
“佟养甲，老夫估计你下一步就要对付冯自用了吧！冯自用不是你的对手，你很快就能当上首辅！老夫说的是你要记住你是文官之首，千万不要让陛下再起杀戮，现在国家刚定，实在经不起折腾。”
马明远看的很准，佟养甲正在准备收拾冯自用，不过佟养甲听到马明远让他劝皇帝少杀人，心中还是往心中去了。佟养甲虽然心狠手辣，但是他毕竟是文官代表，他并不想让大明重回朱元璋时期，官员每天上朝就像送死一样，下班回家全家都要庆祝一番，庆祝又多活了一天。
佟养甲虽然心中十分赞同马明远说的，但是嘴上并没有这么说，而是讥讽道：“马明远，你都要死了还关心这些干什么？”佟养甲说完拂袖离开。
马明远看着佟养甲离开嘴里露出了冷笑，他今天那有这么好心来提醒佟养甲，他今天说的这些话正是给皇帝听的。
马明远不愧是朱宏三手下的顶级谋士，在他自己倒霉时就已经分析出原因。皇帝下狠手收拾马明远主要原因并不是马明远参与了太子的谋逆，而是皇帝终于想要摆脱文官的辖制，想要重新掌权。
皇帝朱宏三起家时依附马家，马家是大士族，自然朱宏三建国后就要对这些大士族、大知识分子们有礼遇，朱宏三重新设立变形的丞相就是这个意思。但是文官阶级的贪念是无止境的，他们和皇权天然对立，只是给他们治国权还不够，他们还希望虚君实相制。就是皇帝你当一个橡皮图章就完事了，好好在宫里玩你的就行了，这个国家有我们这些文官就可以了。
当然这也是社会发展的方向，在同一时期英国大宪章运动也开始制约皇权，中国也不例外。其实这种发展在明朝中叶就已经有了萌芽，隆庆皇帝、万历皇帝的初年，正是这些皇帝不管事当一个象征，才有名臣徐阶、高拱、张居正开创的隆庆新政。
马明远为首的这些文官打的算盘挺好，可是他们碰到的不是隆庆那种面瓜皇帝，而是和朱元璋差不多的朱宏三。朱宏三虽然来自后世，也知道mín zhǔ是社会发展的大方向，但是屁股决定脑袋，当了皇帝后他的思想就变了，谁也不想当一个傀儡皇帝，你们想要按照你们的理想治国？老子还想按照自己的理想画个圈呢！
既然这样，皇权和相