用了不到一年的时间，小馒头学会了母妃所有的制药之术，且有青出于蓝而胜于蓝之势。余小草没什么可教他的了，就把他送入了药王谷中，让徐子翼烦心去吧。又过了一年，小馒头从药王谷回来了，带回了现任谷主徐子翼的一封信。
信中首先羡慕嫉妒恨她有这么个天才的儿子，又讲述了小馒头在药王谷学艺的辉煌历史，接着遗憾地表达了想要收小馒头被拒后的沮丧心情。总而言之，小馒头在药王谷的一年多时光中，不但把人家能传授的学了，还把人家的不传之秘给偷师了。现在的他，制药之术在大明再找不到敌手。
两年过医。在药王谷谷主徐子翼的引荐下，小馒头拜在了以为隐世的神医门下。据说这位神医医冠天下，但凡留着一口气儿，都能给救活。无论黑白两道都要给他几分薄面。
小馒头便开始了他的学医生涯。那位隐世神医是因为欠了药王谷一个人情，才勉为其难地收下这位王爷之子。本来，他打算只教他 一些皮毛应付过去就成。
不料想，这位出身显赫的少年，居然是难得的学医奇才。他像一块海绵一样，凡是教给他的都能很快地吸收，并且能融会贯通。一个教得兴起，一个学得自如，不知不觉间隐世神医对小馒头的态度全然改观了。小馒头成功地被神医收为关门弟子，被重点培养起来。
五年后，十七岁的朱云霄出师了。下山前，师父对他说：“徒儿，你已尽得为师真传，以后的造化就要靠你自己了！”
回到京中，母妃告诉他，已经给他在北方和西南准备了万亩药田，还会联合全大明有身份的人做慈善，善款用在义诊和赠药上，还用他的名义，捐赠了几所“云霄慈善医院”专门给看不起病的老人和儿童免费治疗。
小馒头很感动，父母为了他的理想，付出的远远超过他所知道的。有了父王和母妃的鼎力支持，让他没有了后顾之忧。
独木不成林，他很快联系到自己的师兄和他们的门下弟子，说服他们加入到自己的队伍中来，并且又招募了一批医术和医德不错的，一块儿跟他做慈善。
当然，做慈善需要的资金之庞大是不可想象的。朱云霄自然不会为了自己的理想掏空父王和母妃的家底。他要用自己的医术以医养医。他在学医的时候，专门攻克一些疑难病症，一些不治之症在他手中都能药到病除。
什么人最惜命？当然是那些有钱人、有权阶层了！你想想，在别的大夫那儿已经判了死刑，突然有人告诉你，他可以治好你的病，就是倾家荡产也要尝试一下啊！
当朱云霄治愈了几例绝症和顽疾后，他神医的名声渐渐出去。那些不菲的诊费，一入手就投入到慈善医院和义诊赠药中去。名声出去了，找他看病的人越来越多，有的只是普通的病症，为了求个心安，也会来云霄医院求诊。
“云霄慈善医院”被老百姓成为救苦救难的菩萨医院，也成为绝症患者的救命之所。而神医朱云霄也成就了他医济天下的梦想……
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