经过这场高强度的局部反击战，南京军正如萧爻总结的那样，“把最后的元气都打光了，完全丧失主动出击和再次进行局部反击的能力”。因为兵力已经严重不足，南京军开始全面收缩防线，汤山镇和龙潭镇都被日军夺去，南京军放弃夺回，乌龙山虽然在继续增兵情况下可以继续坚守，但因为兵力不足，被南京军主动放弃了，栖霞山防线同样被南京军主动放弃，其余的次要阵地都被放弃了不少，最终，南京军还掌握着江北的浦口区（兵力也只是集中于江浦镇核心地带，放弃了镇外的次要阵地）、南京城主体、紧靠着南京城的紫金山、幕府山、红山、北崮山、雨花台以及虽然孤悬在外但不能放弃的大胜关要塞。对比于南京之战开始时，南京军此时的控制区已经缩小40左右，但此举保证了兵力密度和防线强度与开战初一样。
南京城内，众志成城、秩序井然。正规军官兵们严守阵地，宵衣旰食、枕戈待旦，预备队民兵们或轮换正规军或抓紧时间进行刻苦训练，厉兵秣马、挥汗如雨，工兵们和民工们继续争分夺秒地挖掘坑道、构建工事，位于大型地下室内的工厂里的工人们两班倒地勤奋工作。金陵女子大学校务处主任、美国传教士、著名教育工作者明妮·魏特琳女士在她的《魏特琳日记》里写道：“...南京已经成了一面旗帜，一面激励中国军民抗击日本且让中国军民获得必胜信心的旗帜。南京是中日战争的前线战场，并且没有‘之一’，可以说，自从南京战役爆发后，日军就没有在中国的别的地方进行大规模的攻击了，只对山西省山东省进行了一些袭扰性、试探性的小规模攻击，其规模、强度、影响力跟南京之战相比是微不足道的，中国战场上的日本军队把绝大部分的力量都用于攻占中国的首都，南京。南京、南京，这是一座让中国人为之骄傲的城市，它无愧于自己的首都身份，它像一座山、一堵墙，死死地抵挡着几十万日本军队的猛烈攻击。南京是中国的心脏，时时刻刻地牵动着整个中国，全中国以及全世界都惊奇地发现，从南京传来的是一封接一封的捷报，这颗中国的心脏正在不屈不饶地、雄壮有力地跳动着，为整个中国源源不断地输出新鲜的血液和蓬勃的活力，让中国这个沉睡已久的巨人慢慢地觉醒过来。因为南京，中国不断地欢欣鼓舞，抗战到底的信念和抗战必胜的信心都与日俱增地高涨澎湃，南京城内充斥着无所畏惧的豪情勇气。在某个地下军医院里，我亲眼看到一个伤重不治的军人是微笑着死去的，他的脸上充满了毫无遗憾的、快乐的笑容，临死前，他握着身边战友的手，‘值了！我这辈子值了！我这辈子最不后悔的就是留在这里，跟着你们一起保卫咱们的国都，一起痛痛快快地杀那些东洋鬼子，诸位兄弟，我先走一步了’，他说着，含笑地闭上眼睛。这一幕令我这个外人也热泪盈眶，感受到了这股伟大的精神力量。”
大胜之后的南京军立刻马不停蹄地整军经武、严阵备战，所有人都知道，日本人素来是狭隘极端、睚眦必报，一下子吃了这么大的亏，肯定会疯劲大发地发动大规模的报复性强攻。官兵们都来不及喘口气，马上投入接下来就要爆发的全面防御战中。
事实发展得让南京军上下都大惑不解，连续好几天下来，围攻南京城的日军一反常态地纹丝不动，既没有大举攻击也没有全面撤退，只是保持着原先态势，似乎什么事都没有发生。
“反常必有妖。”蒋纬国心里有股不安的预感。
日军的华中方面军此时共有15个师团（包括3个朝鲜师团）、3个重炮旅团、2个混成旅团（台湾旅团），虽然已经遭到二十万人的伤亡，但因为日本军队拥有完善的预备役制度，前线部队打光多少都会得到及时的补充（这个过程肯定是需要时间的），因此这些部队平均保持着七成左右的满员度，因此华中方面军总兵力仍有25万以上，无疑，这是一个巨大的数字，虽然日军战死战伤了大量精锐老兵（补充的预备役兵员在战斗力上肯定要或多或少地逊于现役兵员），并且日军在士气上、信心上受到很大的挫折，军械物资也损失得非常巨大，但必须要承认，日军的华中方面军仍然是一个非常强大的军事集团，倘若日军真的不计代价、不惜血本地强攻南京城，拿下南京城并不是做不到，毕竟，南京军这边的精锐老兵已经损失六成之多（过半伤兵可以重返战场，但需要时间养伤），整体战力同样因为损失而逐渐下滑。
亚历山大·冯·法肯豪森在南京反击战后十分中肯地评价道：“虽然南京军创造了奇迹，但南京军的整体战力也进一步地降低了，自损两万八千人歼敌三万五千人，这个比例在防御作战中是不太理想的，总体而言，南京军此时的整体战力只有战事初期的一半不到，若日军继续强攻，付出三万人左右的伤亡代价就可以攻入南京城内，再付出五万人左右的伤亡代价就可以基本上占领南京了。但是，日本人并没有坚持下去，我认为他们已经丧失获胜信心了。”
因为日军的偃旗息鼓，南京城和南京军在激战之后获得了一定的休整时间，城内的气氛也轻松了不少。蒋纬国前阵子累得够呛，这几天难得稍微安逸了一下，他每天是这样度过的：
早上六点起床（实际上他很多时候都爬不起来，要睡到中午甚至下午，战事让