但越是这样越难免让人怀疑。朝廷对此也持怀疑态度，仁曦太后当时即下谕曰：“马新贻以总督重任，突遇此变，案情重大，张文祥所供各情，恐尚有不实不尽，若遽照所拟卽正典刑，不足以成信谳。”另外，此案的审理过程也更加充分说明了这一点：马新贻被刺后，首先由江宁将军魁玉以及藩司梅启照等人审讯，几经周折，所奏不过是案犯“言辞闪烁”，“一味支离”等话。而朝廷则相信幕后定然另有主使，故而加派漕运总督张之万奔赴江宁审案。张之万抵达江宁后，刺马案的审讯工作依然没有太大的突破，只得出张文详曾与海盗勾结，马新贻在浙江力剿海盗故而招怨。这样的结果使得朝廷动怒，于是再派刑部尚书郑敦谨飞驰江宁速审，同时敦促曾伯函前往江宁主持大局。即便是在号称铁面无私的郑敦谨以及两江总督曾伯函长达月余的审讯下，所得结果亦不出前番官员的审讯，只不过量刑更为残酷，将案犯张文祥的凌迟处死，另加剖心致祭。自始至终，可以说朝廷一直力主刺马案另有主使，并且不断降旨以推动审讯工作，前后轮番参加审讯的官员多达五十余人。但直到最终，各路官员也没有审讯出朝廷所谓的幕后主使。
而主审官曾伯函再次就任两江总督后的态度也颇令人难解。两江总督马新贻遇刺身亡，朝廷闻讯即刻调派直隶总督曾伯函回任两江。但是，他却上了一道“谢调任江督恩因病请开缺折”，固辞两江总督。朝廷自然以曾伯函老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜等语相劝，同时调遣李绍泉补任直隶总督以安大局。两江局面混乱，而曾伯函却迟迟不肯动身前往。曾伯函几经推托，朝廷几经敦促。最后，曾伯函才打点好行装准备动身。启程前，曾伯函恳请召见，以观察仁曦太后对江宁时局的看法。实际上，曾伯函一直都在密切关注着江宁的事态发展。刺杀案一出，江宁将军魁玉，他的门生布政使梅启照等就一直给他频频来函。象朝廷一样，曾伯函也非常关心那个幕后主使人有没有审出来。抵达江宁后，曾伯函却并不着急审案，每日里不过是聊天接客。在朝廷再次钦派的刑部尚书郑敦谨抵达江宁前，曾伯函唯一所做的与刺杀案有关的工作，不过是给马新贻作了一幅挽联，前往吊唁了一番，仅此而已。而后来在与郑敦谨共同审案的过程中，曾伯函又往往沉默寡言，极少发问。(【2345xs.cc 2345小说网】。)