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由于日本民众心向西乡垄，加之萨摩军都是武士，训练有素，又有林逸青、桐野利秋、筱原国干、村田新八、野村忍介等一大批猛将指挥，战斗力极强，是以在萨摩军的进攻下，日本政府军节节败退，最后竟然到了“三都俱陷”的地步，以至于不得不借兵俄国，才最终将萨摩军击败。
由于接连战败，政府军官兵往往会将怒火发泄到战区的民众身上，而前来帮助日本政府平叛的俄军比政府军更加残暴，俄军的军纪本就在世界各国军队当中存有恶名，而这一次派来日本助战的俄军大多是由西伯利亚的流放人员改编而来，当中还有大量的哥萨克和俄属波兰人，军纪.. 败坏，战斗力低下，遇敌畏葸不前，见民则如狼似虎，好多地区的日本民众听闻俄军到来，基本都是连夜逃散一空。不光交战地区的人民受害，在后方，俄军也是暴行累累，抢劫财物和强暴妇女事件层出不穷，在东京甚至发生了俄军暴徒jiān_shā外出的日本贵族女子的恶性事件，引发日本民众的大规模骚乱，以至于俄军司令部不得不枪毙了一大批罪犯，方才稍稍平息了日本民众的怒火。而在此这后俄军虽有所收敛，但在交战区，残害民众的事仍是经常发生。以至于大量的民众要么出海逃亡外国。要么躲进了深山之中。在西南战争结束后。仍有为数很多的民众躲在山林中不敢回家，以至于日本政府不得不专门派人进山搜索，劝导民众返乡。
西南战争后，为了彻底清算鹿儿岛为首的反政府士族，日本政府在九州设置了临时裁判所。据统计，被判刑者62764人，其中斩首7022人，十年徒刑6131人。七年徒刑5411人，五年徒刑4126人，三年徒刑6380人，两年徒刑11183人，一年徒刑5013人，拘禁百日12130人，七十日拘禁21459人，三十日拘禁6018人，剥夺士族身份45242人，棒锁632人。交保赎罪12420人。而宣布无罪者为32449人，免罪40349人。宣判前死亡2047人。由于日本政府严厉对待九州地区曾经参加和同情西乡垄叛军的人，至使九州地区的民众长时间对政府充满怨恨，哪怕是在西南战争结束后，为了抚平战争的创伤，由明治天皇的皇后一条美子发起成立的“战争遗族抚慰会”对九州地区的民众进行抚慰，也不能抹平九州民众的内心创伤，而这种情况，一直持续到了乾日丁酉战争的爆发，并且对这场关乎日本国运的战争产生了极为不利的影响。
此外西南战争对日本的经济也造成了极大的打击，根据明治十七年民部省和陆军省、海军省的联合调查结果，在战争中，日本陆军共计消耗枪弹134893500余发，炮弹173700余发。海军消耗炮弹27139发，子弹2147824发。俄军消耗枪弹165423600余发，炮弹214700余发，日本海陆军在初期和中期战斗连连失利，陆军损失了大量的枪炮，海军则损失了3艘铁甲舰（“扶桑”号被击沉，“比睿”号和“金刚”被萨摩军劫夺），7艘炮舰，12艘辅助舰艇和30余艘商船，各类相关费用总计达到了241967726日元。
由于战争消耗巨大，高额的战费使日本政府难以承受，除了向民间极力搜刮之外，日本政府不得不向外国银行借款，最终是英国著名的罗特希尔德家族给予了日本政府大量的贷款，帮助日本政府渡过了战争危机，但日本政府为此不得不出卖了大量的权益给罗特希尔德家族，到西南战争结束时，罗特希尔德家族已经完全掌握了日本的金融命脉。此外，为了换取俄国出兵协助平叛，日本政府暗中和俄国政府订立了密约，许诺将北海道作为给俄国人的报酬，“日俄密约”后来的曝光极大的伤害了日本人民的感情，也大大损害了日本政府的声望，因为几千年来，日本虽然经受了各种外部侵略，却从来没有过对外割让土地的事，日本明治政府在日本人民看来，已经是不折不扣的卖国政府了，岩仓具视等政府重臣都被日本民众视为“卖国贼”，而在西南战争中最终败于日俄联军之手，坚持不屈蹈海自尽的西乡垄则成了日本民众心目中的民族英雄（西乡垄夫妇的尸体冲上海滩后被当地民众冒死收殓并秘密安葬）。…
在西南战争结束后，流亡海外的萨摩士族推举西乡隆盛的儿子西乡菊次郎为领袖，成立流亡政府，不承认日本明治政府的地位，号召国内民众起来反抗“卖国贼政府”，解救被奸臣卖国贼挟持的明治天皇，这些萨摩士族对外自称萨摩人，不称日本人，日本民族因此分裂，而这种分裂状态一直持续到乾日丁酉战争的爆发，在这场乾国和日本争霸东亚的战争中，萨摩人毫不犹豫的站在了乾国一边。
西南战争还促进了日本自由民权运动的发展。明治维新后，日本出现了一些自由民权主义者，他们的初期主张无法得到当时明治政府的认同，于是他们积极鼓动士族阶层发动骚乱，妄图颠覆政府来实现自由民权的政治主张。西南战争的失败使自由民权主义者们清醒的认识到武装推翻明治政府没有希望，他们开始利用舆论同明治政府斗争。而西南战争失败后九州剩余的士族也开始走上了自由民权之路，共同要求参与政权，同明治政府的当权者对抗。西南战争之后日本自由民权运动兴起。对日本政治也